在实现学科交叉上，学校以生态系统认知为核心，整合了植物学、气象学、动物学、土壤学和生态学五门课程，在秦岭火地塘综合教学实习开展生物学综合大实习；围绕知识获取、能力提高和生态文明素养养成主线，丰富课程实习的内容，提高学生综合运用知识的能力，以及分析和应对复杂问题的能力。
为打造具有农林特色的通识教育，学校结合实际建立了科技发展与文明传承、文明对话与国际视野、人文素养与人生价值、自然与社会四个通识课程模块，设计了20余门通识课程供学生选修；自主建设了中华农业文明史、自然与生态文明等一批通识教育课程；在全国率先实施生态文明教育，开展的“秦岭与生态文明”暑期教学活动，已成为学校与境外大学学生互访活动的品牌课程。
在国际化课程引入方面，学校与荷兰瓦赫宁根大学合作实施了优等生项目，瓦赫宁根大学教师来校为本科生授课。学校先后从瓦赫宁根大学、美国新墨西哥州立大学引进5批9位外教来校完整讲授了7门课程，通过本校随堂听课和专门到国外高校的课程教学学习，有4门课程实现了校内。
为了让高水平教师参与到教学中来，学校在课程教学中实施了课程教学约定制度即高水平教师的约定、教学内容与教改方式的约定、教学评价与制度的约定、教学激励措施的约定等。约定制度创造了良好、宽松的教改政策，使教师的教改活动与学生的自主学习得到有效对接。
实行约定制度以来，成功推动了130余门（次）课程的教学，生物学、大学物理、有机化学等10余门核心课程实现了教学内容的更新，产生了20门课程的程。
创新：“2+X”模式实现个性化培养
在拔尖人才生源的保障上，学院实行“择优”“自主”选择生源。部分学生通过高考提前招生录取进入；部分在新生入校后，根据自己的兴趣和学习期望自愿报名，经过择优选拔进入。
全学程中，学生充分享有自主选择权，包括对培养层次的选择，即免试进入研究生通道或复合型本科通道；也包括对教学资源配置的选择，即选课程、选导师、选专业，选定培养方案。
生源选好了，怎么培养？西北农林科技大学独创的“2＋X”模式实现了学生的个性化培养。
何谓“2＋X”模式？
所谓“2＋X”模式，即学生在一、二年级不分专业，按学科大类实施学科通识教育，加强学科素质基础，注重学生创新意识和基础能力的培养。在二年级末实行专业分流，学生自主选择导师和学科专业，分类优化培养。第三年在导师指导下制订个性化培养方案，完成专业核心课程学习和专业能力的培养。在三年级末通过学业考核后一部分学生进入研究生培养阶段，完成本硕（2+1+2）、本硕博（2+1+5）贯通的拔尖培养；一部分学生自主选择复合性通道（2+1+1）完成本科学业。