近年来日本暴雨、台风等自然灾害发生频繁，为此农业农村整备事业采取了农地防灾对策，增加防灾功能。主要对策和措施有：农业用设施机能回复（蓄水池、堤坝的改修），土壤污染的防止和去除（水源转换和客土），农用水水质安全（用水和排水分开、设置水质净化设施），积水解除（排水整理），洪水防止（建水库、防水坝），土壤防止（排水整理、土地整理）。年制定的新农地防灾策略，又增加了加强农地灾害预测、情报联络等内容。
（五）农地资源、水资源和对策
日本农业农村整备事业还非常重视农地资源、水资源和的，制定了有关的对策。主要对策有：减少化肥、农药使用，沟渠保养和生物调查，农村道修补和，复垦耕作放弃地，沟坡除草，考虑景观的农地利用等。在资源和过程中非常重视居民的公共参与，居民参与日常的沟坡除草、沟渠、道等工作。
四、日本农业农村整备实施程序
日本有关法律了农业农村整备实施程序。不同农业农村整备事业依据的法律不同，其实施程序也有所不同。如国家投资的土地改良事业实施程序依据《土地改良法》实施，其具体实施程序包括申请立项并制定计划和计划实施两大阶段。
（一）申请立项，制定计划阶段
申请人（人以上）提出申请，并征求有关市叮村长及有关人的意见，制定初步整理计划并进行公告，公告期限为天，若同意进行整理的农户达到受益农户的三分之二以上，即可向农林水产大臣申请立项。农林水产大臣征求有关都道府县知事的意见，再与有关市叮村长协商讨论，做出准予立项的通知。申请人听取专家意见，制定整理计划。
（二）计划实施阶段
计划完成后进行公告，公告期限为日，公告结束后计划确定。最后严格依据计划进行整理。如果整理过程中需变更计划，需在计划制定阶段进行计划变更公告，并获得三分之二以上农户同意。然后进行计划变更、公告（日）、确定和实施。
五、高效的农业农村整备事业实施策略
（一）农业农村整备事业变迁
日本的农业农村整备事业随着社会发展、农业农村形势变化而发生变化。在不同的历史时期，日本确定了不同的农业农村整备事业目标、方向，如表。
（二）农业农村整备事业的重点实施对象
日本农业农村整备事业的重点对象是农业水利设施、优质农地、农道及农村生活等。随着农业农村问题的解决和整备事业的推进，农业农村整备事业的重点也发生变化。年日本投资亿日元进行农业农村整备，而年投资总额为亿日元，减少，其中水利设施整备、维修、更新由增加到，农田整备由减少到，农村道整备由减少到，农村生活整备由减少至。目前水利设施整备的重点是水利设施的维修保养、及更新，以延长设施寿命。农田整备的重点是生产者的农地集中、暗渠排水。