水利设施整备目的是确保粮食安全供给，维持生态和促进健全水循环形成。日本水利设施整备内容主要有排水设施整理、新建水利设施和原有水利设施维修保养管理。日本非常重视旧水利设施的维修保养管理，以维持水利设施的高性能并延长使用寿命。农业水利设施管理策略分为公共管理和公共支援，公共管理包括国家管理、都道府县管理和市叮村管理，公共支援包括农业水利设施维持、保养技术援助、土地改良区管理技术提高援助及地域有关设施管理体制支援等。
（三）农村整备
农村整备包括农村道整理、农村综合整备、农村排水设施整备及中山间地域整备。
（）农村道整理。建设合理的农村道网可以改善农业生产条件、提高农产品商品化率、改善农村生活，促进农村综合振兴。因此日本非常重视农村道整理，在农村建设了包含一般道、农田干道和农田支的农村道网，连接了城市、农村居民点及农田地块，推进了农业机械化、农产品商品化及农民生活现代化。
（）农村综合整备。农村综合整备是对农业生产资源和农村生活的综合整备，以创造与相协调的优美农村景观、方便舒适的农村生产生活和完善的农村生活福利，从而促进农村土地有序利用、增强农村区域活力及城乡共存与双向交流。农村综合整理包括农田、居民点、供排水设施、农业设施整理、居民点防灾设施、地域资源活用设施等的整理。
（）农村排水设施整备。农村生活污水通过农村生活排水处理设施的处理、净化，形成了可供农业生产利用的灌溉水和有机肥。农村生活排水处理设施整理可以农业用水水质安全，促进农村健康水循环，改善农村生活。同时，生活污水处理后产生的污泥到农田可以促进农地恢复、维持农业机能、减少负荷，从而对建设循环型社会做出贡献。
（）中山间地域整备。日本约土地面积，耕地面积、农业生产及农民在中山间地域。中山间地域地处偏远，自然条件恶劣，居民生产生活差、收入低，人口稀疏，缺少生机活力，农地规模经营受到很大制约。中山间地域进行农田整备可以扩大生产规模、降低生产成本、增加劳动收入和节省劳动力；生活整理和居住条件整理可以改善生活，增加地域吸引力和活力；伴随整理事业实施和国土资源管理水平提高，可以国土、及农村景观。因此中山间地域整理成为日本农业农村整备的重点区域。中山间地域整理包括农田整备、农村道整备、农田道整备、农业用水整备、生活用水整备、市民农园整备、活性化整备设施等。
（四）防灾对策