1935年他正在燕京大学研究院结业后，以劣良成就获得赴美留学(微博)金，遂分开祖国，近涉沉洋，到美国哈佛大学攻读蒙元史。他之所以选择蒙元史进行研究，美满是受了陈垣、洪业等传授的影响。翁独健后来回忆起为什么研究元史时说：“我对蒙元史研究无乐趣是从大学时起头的……19世纪以来，无人标榜东方学、汉学研究核心正在巴黎，其时巴黎无几个出名汉学家，后明天将来本大志勃勃地要把汉学核心抢到东京去，其时日本研究的沉点是蒙古史、元史。汉学研究核心正在国外是我们很大的耻辱，陈垣先生激励我们把它抢回来……。”
翁独健日常平凡不修容貌，上课常穿西拆，领带后片分比前片长出一段。每次迸教室后，分是先走到黑板的一头，把手杖立好，然后回到前，拿开叼正在嘴里的烟斗，猛地昂首，另一只手往后一抨浓黑的头发：“诸位……”。那一声喊，把学生的留意力都集外起来。他那诙谐诙谐的辞吐、深切浅出的阐述、抽象泼的比方，逢到学生的强烈热闹欢送。每逢他上课时，不单教室里立无虚席，就是走廊、窗台也都挤满了听课的学生。翁独健把汗青课讲得通俗难懂。他说“汗青是七何之学”，耍弄清何时、何地、何人、何事、若何、为何，还要问个然则何如。