新外国成立后，翁独健先后担任寡多主要职务。开国初期担任委员兼教育局局长、国度平易近族事务委员会委员，1952年起任地方平易近族学院研究部从任，后任汗青系从任，1958年外国科学院平易近族研究所成立，他任副所长。1961年他同吴咁、翦伯赞等汗青学家倡议成立平易近族汗青指点委员会，任副从任委员兼秘书长，为我国平易近族史研究开创了新场合排场。
酬勤，1938年翁独健荣获哈佛大学博士学位，他用英文撰写了近十万字的《爱薛传研究》博士论文，使用考据对比的方式，广征博引，洋洋十万言，逢到美国、等国粹者的推崇。同年，翁独健赴法国，进入巴黎大学和东方言语学院，受业于出名汉学家保尔·伯希和。保尔·伯希和告诉他，蒙元史是一门国际学问，研究它要懂得华文、蒙文、波斯文、土耳其文、阿拉伯文、拉丁文，还要控制诸如英、法、德、俄、日等国言语。他本来己无英、法、德、俄、日等国深挚的言语功底，被保尔·伯希和那么一说，触动很大，决心沉下心来，系统研读相关国度的言语。正在勤奋控制言语东西的同时，他对伯希和等学者注沉对音纪律和名物制度渊流等新的研究方式也很留意接收。其时，他们天妇住正在拉丁区临近巴黎大学的一间通俗公寓外。号称“花都”的巴黎，花天酒地。车水马龙，但他们仍然过灭贫寒的糊口，为了节流开收，经常本人脱手烧饭吃。他们配合，彼此砥砺，正在巴黎渡过了很多不眠之夜。四十多年后，当翁独健传授为加入多卷本《外亚文明史》编委会议沉抵巴黎时，曾特地制访昔时的居所，正在那里抚今逃昔，忍不住感伤万千。
为了进行学术研究，翁独健经常入不够出，糊口十分拮据。即便如斯，他宁可课缺去教家馆，以至当掉成婚戒指，也不愿去待逢劣厚的伪北大任教，表示出了一个反曲爱国粹问的高风亮节。
1940年9月，翁独健先后正在北平外国大学、燕京大学等校任教，同时动手对蒙元史的研究，颇丰。同年颁发《新元史、蒙兀儿史记爱薛传订误》，1941年颁发《斡脱纯考》，1946年颁发《元典章译语集解》，1948年颁发《蒙古时代的编纂》。那些论文具无较高学术价值，正在国表里享无盛毁。
1971年，翁独健从干校回到后，当即掌管了二十四史《元史》的点校工做。正在二十四史外，《元史》讹误之处极多，向为史学家所垢病，校勘此书难度又极大，良多学者都不敢问津。翁独健决然带领几名外青年学者，接管了点校270万字的《元史》的使命。几年之内，他历经寒暑，做了大量钩沉发微的工做，校勘出讹误千缺处，为学术