非系统风险是指某些因素的变化造成单个股票价格下跌，从而给股票持有人带来损失的可能性[4]。非系统风险又称可分散风险。我国创业板市场的非系统风险是由我国创业板市场制度自身以及相关市场参与主体的问题引起的。非系统风险中的市场自身风险和上市公司风险是我国创业板集中的风险。
这是创业板市场显著特点之一，这也是创业板市场自身风险产生的源由之一。我国创业板市场面向的是新经济、新材料、新技术、新能源、新服务的高成长性企业。为了适应创业期高科技企业的特点，创业板市场设置了低于主板市场的发行上市标准。
由于创业板上市公司具有创新性,其经营业绩还不够稳定,公司前景很难判断,对其进行准确估值具有相当大的难度。此外,判断上市公司核心竞争力的价值要求具有很高的专业知识，投资者在判断上市公司投资价值时会存在主观性和盲目性,在进行较大数量的股票买卖时有可能诱发股价大幅波动。
流动性是证券市场的生命。创业板上市公司规模小，数量少、盈利水平不稳定，受经济波动影响大。一般情况下，如果有70%的筹码被控制，该股实际上就失去了流动性。
与主板相比，创业板市场交易规则较宽,这在活跃市场交易的同时，易出现盲目炒作现象[5]。尤其在创业板开板初期,不论上市公司行业、业绩、前景如何,会出现“恶炒”现象,从而引发股市大幅震荡，给市场带来高风险。
由于创业板上市公司的股本规模小,中小企业经营业绩的不稳定和市场的不确定性,加上信息不对称,因而容易出现一些资金实力雄厚的机构和个人利用内幕消息市场价格行为,坐庄现象非常突出，并且，在获得超额收益后立即退出股市，造成创业板市场价格的非波动。
上市公司作为创业板市场的基石，其风险的大小直接影响着创业板市场的稳定。新上市的中小高科技企业，资产规模小，管理人员经验不足，缺乏稳定的盈利业绩。这些企业在高成长的同时，又存在着较大的不确定性。根据有关学者的调查表明，从1999年11月到2008年3月，共有48家公司在创业板因违规行为而退市，其中，共有14家(占29.17%)因为违规和经营失败，而被取消上市地位;因上市公司发生违规行为，而被停牌的总共有38次(占86.36%)，其中因未按时披露定期报告而被停牌的有13次，因上市公司或董事违反上市规则和董事承诺而被停牌的有11次，其余则是因为业绩造假、高管集体、高管涉案或母公司涉案等原因停牌。有关专家研究表明，创业板市场上，90%的违规企业属于国内民营企业。而随着在我国创业板上市的民营企业增多，上市公司风险将成为我国创业板风险中最主要的风险[6]。其主要包括：上市公司的高市盈率发行的风险、产品和技术风险、经营和管理风险、风险、资本运营风险、退市风险等。