其一，是丹说逐渐向内丹倾斜。内丹术逐渐盛行并取得重要成就，其独特的人体系统科学、心-身控制论与脑科学，对中医学的发展有极为深远的影响。其中，关于医学家对中国传统学说的贡献，明代医学家李时珍曾评论说:“紫阳《八脉经》载经脉，稍与医家之说不同。内景隧道，唯反观者能照察之，其言必不谬也。”文中提到的“紫阳”即宋代南张伯端(号紫阳真人 );所谓“反观”，指的就是内丹中的“内视”。《八脉经》是张伯端的内丹医学著作，
李时珍不仅将《八脉经》的学成就加以吸收，而且认为“其言必不谬也”，充分肯定了内丹学对学说发展有重大贡献。在这些领域，对人类自身潜力的高度肯定和极为独特的发掘方法，至今值得研究。中医学领域素有“医之门派始于金元”之说，而金元中医四大家当中，就有一家 (刘守真 )出于。全真七子之一的马丹阳，在针灸学方面也有较大成就，并著有关于针灸操作的歌诀。这与全真道历来所强调的“真功”、“真行”思想有密切关系。按全真道《重阳立教十五论》“第四论合药”，要求全真通医药学:“学道之人，不可不通。若不通者，无以助道。”
其二，五代北宋以后，外丹术逐渐向中药和外科治疗学的方向演变，成就斐然。有关研究表明，宋代以来中药学中出现的许多“丹方”，就来自的外丹学成就 ;许多丹方至今仍在中医药领域发挥重要的治疗功能。火药的发明，是对世界文明的重大贡献之一。中国古代火药的基本成分，正是炼丹活动中常用的硝石、硫黄和炭类物质。
早在《抱朴子内篇》的丹方中，就具备了火药的基本成分，即:“雄黄当得武都山所出者，……先以硝石化为水，乃凝之，或以玄胭肠裹，蒸之于赤上下，或以松脂和之，或以三物炼之”不仅提供了火药燃爆所需的成分 (硝石，雄黄和可提供炭类物质的玄胭肠或松脂等 ) ，而且提供了可能导致燃爆的热源 (即“蒸之” )和可供验证其爆破力的条件 (即“于赤土下” ) 。中外学者的研究表明，火药到中唐时期已是还炼丹药活动的经验总结，它的发明显然要比这更早。
古代对光学的研究可谓成就斐然。如唐代和 ((玄真子外篇 )卷下《涛之灵》篇论述说:“烬火为轮，其常也;非环而不可断者，疾乎连 (速 )也。”这就是现代光学所谓的视觉暂留现象。五代谭峭所著《化书》说:“以一镜照形，以余镜照影，镜镜相照，影影相传，”认识到了平面镜反射现象的一些规律。
在光学领域，元代全真赵友钦也是一位有重要成就的科学家。其陈致虚 (上阳子 )称其“极聪敏，天文、经纬、地理、数术莫不精通。”可惜赵友钦的许多著述已佚，今人只能从其仅存的《革象新书》中了解他的科学成就。