实际上，教育部针对此事发出过回应：“985工程”和“211工程”将统一纳入世界一流大学和一流学科建设。
第一个是“双一流”是以学科为资助主体，突出以一流学科建设带动一流学校建设，而“985”、“211”是以学校为资助主体。2015年10月教育部网站上发布的《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》(以下简称《总体方案》)称“要围绕主干学科，强化办学特色，建设若干一流学科，扩大国际影响力，带动学校进入世界同类高校前列”。
从前文介绍可以看出，在继“985”、“211”工程之后，国家所实施的“111计划”和“2011”计划也都是围绕学科建设来进行的。而且随着高考的深入，例如上海、浙江两地开始实行“3+3”新高考方案，新的高考政策也意味着考生往往在高一时可能就需要考虑自己的专业方向，高考的学科倾向逐渐凸显。“双一流”以学科为基础，从某种程度上说，可以为考生和家长在提早定下报考目标上提供参考。
为什么会出现这个转向，就像阿特教授说的：“不管用什么名称，好的一流大学，好在哪里，一流在什么地方，最终都是在学科上体现的。一流大学和一流学科有着非常直接的内在联系，有了一流学科才可能有一流大学，世界上不存在没有一流学科的一流大学，但世界上任何一所一流大学，也不可能在所有的学科都达到一流”。不过，“双一流”以学科为基础也可能会存在这样的问题，如果学校都以优势学科竞争，在优势学科上持续投入，会导致现有一些相对薄弱的学科被边缘化，进而产生一系列人员、结构上的调整。
第二个是“双一流”建设名单将不再一层不变，会打破“身份固化”，引入竞争机制。2017年1月，教育部、财政部、国家发展委正式印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设实施办法(暂行)》，《实施办法》明确高校“双一流”建设每5年为一个建设周期，建设高校实行总量控制、竞争、动态调整。
2015年发布的《总体方案》在肯定“985”、“211”成绩的同时就指了出现有重点建设工作中存在的问题“身份固化、竞争缺失、重复交叉等”。之前的“985”、“211”工程，一方面是先自上而下圈定一批高校，而把哪所高校划为“985”，哪所高校划为“211”却没有一个科学、可以服众的标准。就“211”而言，划定之时就有很多办学水平之外的考量，比如兼顾地方，每个省至少有一所入选，兼顾各个行业，每个行业至少有一所。另一方面，名单缺乏流动性，形同“”，到了最近几年索性彻底关上了“985”、“211”的大门。可是，经过十几年的发展，各高校的发展水平不一，已然发生了很大的变化，但名单之外的学校不管如何努力，办学成绩多么优秀，都无法挤进这个排行榜。