不过这个到底有多重要，除去渔民或人外，恐怕理解的人比较少。许多网友都认为这个渔业协定给带来的只是“小恩小惠”，与主权的重要性相比不值一提。方面与日本签订涉的渔业协定，有碍两岸中国人“主权属于中国”的共同认知，了民族感情。
然而这个孰轻孰重的判断方法着实令人怀疑，再多网友的“民族感情”，他们绝大部分也与水域的渔业问题扯不上关系，而如果不签这个渔业协定，渔民的利益则将继续显而易见的损失。难道就该渔民们的实际利益，来满足那些无关切身利益的爱国者“方面的满足”？
更不要说，这些渔民一直以行动坚定地捍卫中国主权，去年“9·25”发起了史上最大规模的华人活动，共58艘渔船，292位渔民参与，多艘船只冲入12海里范围内，“是我们的”，严重冲击了日本的实际控制。
因此，正如国台办发言人范丽青就台日渔权谈判及协议所表示的，在“捍卫领土主权”的基础上，两岸渔民在钓鱼台这个传统渔场的渔业权益，是“两岸双方的责任所在”。由此，便可理解为什么要跟日本签订渔业协定。[…详细]
即便不将这次台日渔业协议所保障的渔民利益视为“小恩小惠”，许多人也担心，拿“对主权的影响”去换这种利益并不划算。但事实上，台日渔业协议不可能影响主权。最基本的一点，台日之间没有正式的外交关系，台日渔业协议的签订双方分别是“亚东关系协会”和“日本交流协会”，名义上都是民间组织，故中国称之为“有关团体签署了渔业协议”，这种协议当然影响不了主权。其次，及其附属岛屿12海里（领海线）以内的海域，协议中根本不涉及，自然也无碍于主权。最后，包括中日、中韩渔业协定在内的这些渔业协定划定的这些水域，跟领土划界、专属经济区划界都不是一回事，根据《海洋法公约》，即便将来日本承认了中国对的主权，日本船只仍可能在附近水域进行作业。这就好比中国宣示了南海诸岛的主权，但南海仍有水域属于周边专属经济区的重叠范围，可以共同开发。所以说，协议允许日本船只也在该水域捕鱼根本算不上“”。
至于有人担心台日渔业协议是否会影响未来可能的对主权问题的国际仲裁，在目前的国际法约束体系下，这也属于杞人忧天，更不用说这份协议一点也不偏向日本。[…详细]
在这波对台日渔业协议的中，现任领导人遭到了猛烈，被许多两岸网友骂“丧权辱国”、“千古罪人”，这种说法同样毫无道理。如前所述，这份协议根本不影响主权，从对问题的一贯态度来看，其“”更无可能。