2、企业发展方面
2012年，本市销售收入30亿元以上的生物医药企业有3家，销售收入10亿元以上的有15家，过2亿元的生物医药企业有98家，与2008年相比，新增50家。
外资企业在上海继续保持了很好的发展势头。目前，全球500强企业中的22家生物医药企业，有14家在上海设立了地区总部、研发中心或生产。跨国企业通过在上海追加投资或引入新产品，企业规模迅速扩大，年均增速超过20%。国有企业也得到迅速发展。如上药集团通过重组兼并，2012年实现营业收入680.78亿元，成为我国医药领域的旗舰企业；上海生物制品所在奉贤投资39亿元建设生产，建成后将成为国内最大的生物制品生产。民营企业发展势头良好。如复星医药通过资本运作和并购重组，2012年营业收入超过70亿元，已经发展成为国内医药前十强企业；药明康德、创诺医药、微创、海尼药业、凯宝药业、康德莱等一批民营企业也已成为行业内各细分领域的龙头企业。本市外资、国有和民营生物医药企业已经形成“三足鼎立、共同发展”的格局。
3、拳头产品方面
微创公司的药物洗脱血管支架、凯宝药业的痰热清注射液等6个产品销售额超过10亿元；海尼药业的糖电解质注射液、新亚、新先锋的头孢曲松钠、和黄药业的麝香保心丸、中信国健的益赛普、康德莱的注射穿刺器械、东富龙的冻干机等11个产品销售额超过5亿元。2012年本市销售额过亿元的生物医药产品已超过100个，此外，四年来，重组人尿激酶原、艾力沙坦、吡非尼酮、甲流疫苗4个创新药物获批国家一类新药证书；重组抗CD25人源化单克隆抗体、右旋佐匹克隆等26个新药获准生产；数字X光机、1.5T磁共振、心脑血管支架、临床专用PET、电子内窥镜、手术设备和交联透明质酸等61个产品获得了国家三类医疗器械注册证。创新产品的不断涌现，标志着上海生物医药产业的产品结构正在向高端制造转型，成为全国生物医药领域高端制造中心。
4、创新能力提升方面
国家上海新药安全评价中心和中科院上海药物所安评中心获得欧盟经济合作与发展组织（OECD）国的GLP资格认证、“临床样本库”的启动建设、研发型中小微企业科技投融资平台的建立，标志着本市创新研发公共服务平台正逐步与国际接轨、创新研发体系不断得到完善。上海在生物医药创新领域继续保持国内领先地位。
以企业为主体的产业创新联盟以及产学研医合作专项的设立，使得本市生物医药企业的创新主体地位和科技产业化能力不断得到加强。目前，重组人肿瘤细胞凋亡因子、可利霉素、纽兰格林、重组人胰高血糖素（GLP-1）等4个国家一类新药已完成临床研究，正在申请生产批文，还有27个国家一类新药进入临床研究。在承担国家重大新药创制专项任务的省市中，上海最早获得国家一类新药证书，也是获得国家一类新药证书数量最多的城市。