智库的建设不仅要关注智库的自身运行机制和研究质量，而且也需有资助和各方面的支持，通过智库内外部的共同作用保障智库建设的顺利开展。其中，智库的运行机制是智库发展的固有机能，引导和制约着智库的运行行为及相应制度，运行机制不完善将导致智库要素资源的浪费。
国外智库运行机制的研究始于20世纪90年代，斯通初步对智库的组织管理和认知进行了探讨。随后，智库运行机制的研究逐渐引起了相关学者的重视。例如，麦甘对国际典型智库的机制以案例讨论的方式进行了介绍，并分析了全球化智库的组织结构及其历史机遇和挑战；斯特鲁伊克(Struyk) 针对智库运行的人员激励机制、成本管理机制、沟通机制和竞争机制等进行了详细的研究，为优化智库的运行提供依据。
我国智库建设起步较晚，相关研究在近几年才大量涌现。2015年，《关于加强中国特色新型智库建设的意见》明确表示要“加强中国特色新型智库建设，建立健全决策咨询制度”。至此，智库建设引起我国的高度重视，我国的智库建设迈入黄金时期。从我国目前研究文献来看，关于智库运行机制的研究主要分为3类。第1类集中在对国外智库建设的运行机制进行介绍，例如，杨尊伟和存对美国智库进行分类，并分析了美国智库的运行机制和基本特点；刁榴和张青松对日本智库的模式及存在的问题进行深入分析；刘旺洪对英国智库的运行机制特色进行研究，分析了英国智库的发展方向。第2类是国外智库建设对我国智库的，例如丁宏结合英国智库建设的运行机制给出了对我国智库建设的；莫神星和张平通过对美国智库建设经验的分析，提出了美国智库的政策分析性、资金来源多元化和旋转门机制对我国智库建设的。第3类是对我国智库建设的运行机制开展研究，例如张家年和卓翔芝从情报视角探讨了我国智库建设的运行机制和途径；周湘智从运行技术与实施流程方面对我国智库建设运行机制进行研讨。
可以发现，国外著名智库大多形成了成熟和完备的智库运行机制，然而我国智库的当前运行机制存在着诸多问题，例如，我国智库组织关系较单一，智库的运行成本较高和工作效率较低，运行机制导致理论研究与实际应用研究匹配度较低，研究的质量难以保障。因此，中国特色新型智库建设需从智库内部着手，重点解决智库的运行机制问题，响应智库理论发展与实际应用的完美结合，尽快完善中国特色新型智库的运行机制框架。
在传统的认知中，情报机构和情报工作为智库提供重要的支撑作用。情报在智库前端研究中起着重要的作用，情报机构是智库的重要信息资源，负责文献资料提供、资源网站建设以及智库保存，也是智库的信息服务平台，负责制定检索策略、确定研究策略和分析方法、个性化定制与推送，同时还承担着智库的评价职能。智库的知识再生产过程得以进行离不开知识资源的支持，它需要掌握全面而准确的信息资源，利用科学的方法对数据和信息进行分析，才能研究结论的可靠性，情报机构几乎参与上述智库知识生产的全过程。随着情报研究的发展，情报机构以及情报工作在智库中发挥的职能已经远超过上述职能，可以说情报研究和情报工作已经越来越接近智库职能，智库也越来越离不开其情报研究。