交通运输经济学以产业经济学理论架构为基础，而产业经济学的理论渊源以微观经济学为基础。产业经济学理论基础的新古典微观经济学化，被“性”不言自明的确认下来。然而产业经济学研究是否必然依赖现代微观经济学却是一个要害的问题。近些年许多产业经济学研究，由于依赖微观经济学架构，以至于很难扩展产业组织问题的研究。本文借助交通运输经济研究中关于时间、空间、组织的思考，重新对产业经济理论展开讨论，结合古典经济与现代经济学研究，并提供相应的分析工具。不但有利于交通运输经济学研究深入，而且对产业经济学发展提供新的研究径。
长期以来，普遍认为交通运输经济学属于产业经济学研究领域，而产业经济学的理论渊源则来自于马歇尔传统的新古典经济学。因此，交通运输经济学研究也遵循新古典经济学范式。一般的交通运输经济学教科书写作结构，也是按照均衡价格理论、消费者行为理论、生产者行为理论（包括生产理论、成本理论和市场均衡理论）、分配理论、一般均衡理论与福利经济学、市场失灵与微观经济政策进行展开，并将这些理论平移到交通运输经济行为的研究当中。
然而近些年的研究表明，如果继续遵循传统的新古典经济学研究范式，则交通运输经济理论研究以及相应经济现象的解释都将受到。这一点不但表现在交通运输经济学的研究，也在一般的产业经济学研究中有所体现。如在一般的产业经济学研究中，对于二战以来产业生产实践中产生一些“新事物”就很难解释。如精益生产管理方法，以及其中的拉动式（pull)准时化生产 (JIT)；全面质量管理（TQC）；团队工作法（Teamwork）；并行工程（Concurrent Engineering）。产业界不断推广加以使用的好方法，却一直缺乏具有理论内涵的经济学解释，而探究交通运输经济行为的第一步则必须与上述经济现象的解释有关。
造成以微观经济学为内核的产业经济理论，难以解释上述想象的原因有两点。一是经济学研究在马歇尔之后逐步强调数学化与规范化的影响，而生产行为尽管重要却只能以生产函数简单处理，随之而来的是对于生产技术环节行为的忽视，以至于无释许多生产行为的经济含义。在《经济解释》第二卷《供应的行为》中指出，尽管他自认为跑过好些工厂，但也没有信心可以把生产成本分析得好，也只能尽其所能试写吧。他认为这是最困难的，不容易写得有分量。这是因为经济学者很少在工厂内作过深入的调查研究，更何况生产的行业各各不同。要将不同而又不深知的一般化，谈何容易？