1998年我有了读博的打算，读博的一个初衷就是能够跟随林先生系统学习。2000年我通过了博士生入学考试。那一年考林先生的学生最多，有六、七位。面试时，林先生问了一个很有意思的问题：你们认为汉代有没有社区？后，社会学重新兴起，“社区”概念和社区管理模式开始得到重视。1993年始在西城区试点社区建设，对于当时的中国而言，“社区”仍是一个新鲜事物。“”时期历史学的八股化十分严重，我们阐释历史的理论、方法、视角甚至语言基本上是一个模式。后，虽然主张解放思想、开拓创新，但是真正做到这一点并不容易。不仅是当时，即使是现在也少有以“社区”为题研究中国历史的。林先生的问题一出，我们开始都有些，回答五花八门，比较靠谱的是谈到汉代的“父老僤”和“社”。
后来我才知道，这正是当时林先生思考研究的课题。他为此撰写了《秦汉帝国的民间社区和民间组织》一文，发表于《燕京学报》新8期（2000年5月）。林先生认为，秦汉时期的乡里是从此前的聚落共同体演变而来，具有基层行政组织和民间社区的双重属性，民间社区有一定自治功能。秦汉社会中，除了民间社区之外，还有“父老僤”、游侠、豪强等民间组织，它们分为制度内和制度外两种属性，并由此了它们与国家秩序的关系。
林先生这一研究可以很好地反映林先生治学的特点：第一，将历史研究与现实紧密结合。从现实出发寻找历史研究的新视角、新问题，通过历史研究探寻今日中国的历史渊源。第二，关注宏观、理论问题。秦始皇统一中国，建立主义中央国家后，除了皇权控制的乡里组织之外，是否还存在其他民间组织；乡里除了承担国家赋予的行政管理职能外，是否还负有自治、互助功能；秦汉时期，以血缘为中心的家族或农村虽然了，但是血缘关系并没有因此消失，那么，它在秦汉基层社会中到底占有怎样的地位？这一系列问题都是中国历史中的大问题，是探索中国历史发展道和特色的关键。第三，视野开阔，兼容并蓄。林先生的这篇文章并不长，但却了大量前沿研究，包括法国年鉴学派费尔南·布罗代尔、日本学者增渊龙夫、学者杜正胜、学者俞伟超、宁可等先生的论著，并经过长时间的深入思考撰写而成。
2000年9月，我正式进入博士课程，跟随林先生学习。和我同时入学的还有现在也在室里工作的赵凯。林先生是一位十分负责的老师，他当时已69岁，仍给我们两人授课。当时我们已从日坛六号搬回到原来的小楼（后来当院长时，拆了建成现在的食堂）。因为办公室紧张，林先生也没有单独的办公室，就借了二楼礼堂后面的小储藏室进行授课。房间里除了堆放的桌椅等杂物外，只能放一张桌子，几把椅子。林先生即使是给我们两人上课，也认真写教案，在四百字的稿纸上整齐地按格书写。授课的主题是“秦汉时期的国家秩序与民间秩序”，这是《秦汉帝国的民间社区和民间组织》研究的进一步拓展。这样的选题和视角带给我很大的冲击和新鲜感。在林先生影响下，我选定了博士论文题目：秦汉社会基层组织与秦汉社会结构研究。虽然后来因为其他原因，改了题目，但我一直认为这是一个非常有价值、有意义的课题，我希望今后能在林先生的基础上进一步展开这一研究。顺带提及，目前历史所正在开展的创新工程项目“中国古代的国家与社会”，实际上也是受了林先生的影响和。