体系建构研究范式的局限主要体现在以下两点：
第一，体系建构造成可控的封闭性思维模式，可控性思维模式造成对理论的盲目。教育管理活动属于实践范畴，其主要的施动主体与受动主体都是人。由人所参与完成的各项教育管理活动同样具有不确定性和不可控性。与此相反，既成的理论框架是确定性与可控性较强的分析手段，一旦人们对管理活动中形成的思想与认识上升或抽象为更高一层的具体规律性的思想与认识，那么这种思想与认识便成为了具有普遍科学意义与普遍真理高度的适用性、概括性极强的理论。一旦理论形成，人们更多倾向于或套用理论、严格界定研究对象、将研究方法步骤化，而忽视了理论自身的局限性。现实情况就像埃德加·莫兰所说的那样：“一方面我们的知识是分离的、肢解的、箱格化的，而另一方面现实或问题更愈成为多学科的、横向延伸的、度的、跨国界的、总体性的、全球化的。”③“封闭——确定性”的理论框架与“、不确定性”的教育管理活动之间的矛盾实际上是认识与现实之间的矛盾，认识永远不是对现实的完全反映，而是对现实的翻译与重构，因此，它包含产生错误的。认识与思想永远不能达到一个绝对确定的真理，而只能是与不确定性的现实的对话。
第二，体系建构造成实践性研究的贫乏，最终使理论成为无水之源，无本之木。就我国目前教育管理的实践来看，它在更大程度上是“东渐”的结果，本土化问题研究时间较短，内生式理论建设刚刚起步，且我国的教育管理较而言更易受到因素或意识形态等方面的影响。因此，学校教育无论在形式或内容上大多表现为整齐划一的标准化与模式化，从而造成教育管理学赖以存在和发展的实践土壤的贫瘠性。
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