3、是不少红筹企业选择的上市地区，联交所对采取VIE结构上市的申请企业的审查力度加强，可能影响IPO进程，从而影响到投资方的顺利退出。
由于受到支付宝事件影响，联交所对通过VIE上市的企业特别关注和从严审查，可能要求申请企业针对原VIE结构采取改进措施，加强VIE结构的稳定性和控制力。2010年，国内一家知名的电子商务公司，也是采用VIE结构申请境外上市。境外交易所就明确要求该企业针对VIE结构采取改进措施，加强VIE的稳定性。最终，该企业在采取改进措施的过程中，创始人和投资基金对公司重大控制权问题产生分歧，未能在限期内完成改进措施，导致IPO失败。
4、在VIE结构的设计和安排方面，涉及境内外不同法律制度的衔接，在VIE结构安排和具体法律文件方面容易出现法律漏洞，容易忽视法律风险的预防和控制措施，存在较律隐患。
通常情况下，投资基金在投资项目公司时会聘请境外或涉外律师负责制订境外购股协议、股东协议和章程等协议；WFOE和运营公司之间的控制协议，一般由项目公司委托中国律师制订。由于境内外法律体系不同，境外系列投资协议和境内控制协议之间往往存在较多法律体系冲突的地方，许多条款约定只是看上去“很美”但实际不能很好的预防风险。在发生投资争议的情况下，投资基金的投资利益往往因为法律文件中的“法律漏洞”而陷入被动。例如：某知名基金在投资一传媒公司案例中,各方安排企业创始人担任境外公司董事长和境内公司董事长兼法人，但对董事长和法人的任免条款没有进行合理安排；在境外公司章程当中：合格董事会会议必须包括创始人的出席，否则作出的董事会决议无效。这样，在发生争议时，创始人董事不予配合，投资基金无法召集和形成有效董事会会议，陷入公司董事会僵局，投资方处于完全被动的地位，高额的投资权益受损。
5、由于支付宝事件影响，在采用VIE结构的企业中，理论上都存在创始人可能终止VIE协议，然后转移运营公司经营牌照或重要资产的可能性。投资方通过协议控制运营公司的财务、资产和经营管理，这种模式在司法实践当中仍然需要检验。在发生类似支付宝事件时，投资方如何通过系列协议达到控制和运营公司的重要资产，取得实际控制权？国内法院和仲裁机构很少处理类似的案例，这都是司法实践的难题之一。
三、VIE结构优化和风险控制
“支付宝事件”对引发了监管部门、投资界和法律界对VIE结构法律风险的担忧和关注。尽管支付宝事件已经尘埃落定，但其对资本市场、私募投资和VIE模式的影响深远。毫无疑问，VIE模式的应用和发展对我国风险投资和私募股权投资行业发展做出了重大贡献，造就了大量的杰出企业和企业家，有力推动了新型行业的繁荣发展。层面上，我国有关监管部门应加强科学引导、规范和监督VIE的适用，针对VIE结构的“法律身份”、协议控制的稳定性、VIE结构法律风险控制等进行专题的调研，及时制订和颁布相关的指导性文件。