发起组织中华医史学会
推动研究医史群策群力
王吉民通过自己多年对祖国医学史的研究，深感“吾国医学虽具悠久之历史，而曩昔医士鲜注意及之，致使丰富之史料乏人整理”。他认为“医史研究早感需要”。因此，1935年冬，当中华医学会在广州举行第三届全员代表大会时，王吉民与伍连德、李涛等几位热爱医学史的会员，商议发起并组织了“医史委员会”，其旨明确定为“促进医史学术之探讨与研究”。王吉民被推举为该委员会。
1937年4月，中华医学会在上海举行第四届全员代表大会，“医史委员会”进行了改组，更名为“中华医史学会”，王吉民被选为会长。为了积极推动医史工作，发挥医史学会应有的作用，他代表中华医史学会明确地宣告：“对于医史之与推进，本会负有极大的。”因此，中华医史学会成立后，有计划地组织中、西医学界人士撰写医学，一年举行若干次医史学术，并且每隔一年分别编辑出版一期中文版与英文版《中华医学医史专号》。正是由于王吉民等人的努力推动，中华医史学会能够及早组织成立，从而成为中华医学会最早组成的12个分科学会之一，在促进医史学术活动上起到了很大的作用。
1942年，王吉民负责编辑出版了《中华医史学会五周年纪年特刊》，他在其中发表了《中华医史学会五年来之回顾》一文，着重强调：“中国医史乃一广博之科目，确系未开垦之园地，予研究者以绝好机会”，并且满怀信心地说，它的“之前途呈现于吾人之前”。
1947年初，中华医史学会决定出版定期的《医史》季刊，王吉民任主干，具体负责编辑与出版。该刊的问世，成为我国介绍和交流医史学术的重要园地，对国外也有一定的影响。
创立医史博物馆 珍藏文物益
1937年4月，中华医学会第四届全员代表大会在上海召开时，王吉民负责筹备举办了一个“医史文献展览会”，这可以说是创立我国医史博物馆的先声。人士参观后，对此展览会产生了很大兴趣，上海有几家报刊曾作报道，反响颇大。
在此期间，王吉民发表了《筹设中国医史博物馆刍议》一文，其中他明确地谈到筹建医史博物馆的三个目的：（一）收集历代医史文物，“妥为保存，以免散失”，并使“国粹不致外流”。（二）将所文物，“供学者研究，藉以考察医学之变迁，治疗之演进”。（三）“对学生为有效之教授方法，对可作宣传医药常识之利器。”上述目的无疑是很正确的。