前，我国中央高校教育经费投入构成以中央教育经费拨款为主，主要采取“综合定额加专项补助”的方式，经费由财政、教育部门根据不同层次、不同类型和不同地区学生的生均拨款定额标准和高校在校生数核定下达，专项补助由财政、教育部门根据国家政策导向和学校的特殊需要单独核定下达。现行中央高校教育经费拨款模式在一定程度上缓解了高校教育经费紧张的问题，但也存在一些亟待改进和完善的地方。为此，应该在确保财政投入不断增加的同时，充分发挥财政投入的宏观政策导向作用，引导高校科学规划、精细管理，建立中央高校教育经费拨款的新机制。
（一）进一步完善综合定额生均拨款标准
提高高校生均拨款标准，增强高校的财务实力和抗风险能力是高等教育财务管理一项重要的措施。因此，应根据国家创新财政投入体制机制的要求，合理确定公用经费与人员经费的构成比例和基础标准，逐步提高高校综合定额生均拨款标准，并使高校预算拨款充分体现办学基本运行成本差异和国家宏观政策导向，逐步建立高等教育财政投入新机制。根据目前财力状况，测算出人员经费与公用经费占生均支出的比例，核定所有学科门类或专业的公用经费与人员经费的基础标准分别为每生每年3000元和每生每年4000元。在此基础上，按照高等教育本科教学学科设置设定不同档次的公用经费学科折算系数，对不同学科或专业确定不同的公用经费定额标准，体现不同学科或专业办学成本的差异。公用经费学科折算系数以3000元为基数，形成7种折算系数（1、1.25、1.33、1.5、2、2.5、3），在此基础上形成相应的7种人员经费与公用经费的结构比例。经过后，中央财政对中央高校的生均拨款标准不再是单一的一种额度，而是与所设学科的多样性相适应的多个学科门类额度标准。生均拨款标准细化为7个等级，分别对应不同学科或专业，具体是：文学、历史学、哲学每生每年7000元，、经济学、理学、管理学、教育学每生每年7750元，工学每生每年7990元，医学每生每年元，文学（文艺类）每生每年元，纯艺术类学校的文艺类每生每年元，体育学、民族学、考古学、地矿油类、海洋工程类、新闻类每生每年8500元。
在细化生均拨款标准的同时，所有学科或专业的生均拨款标准均得到提高，如文史哲学科的生均拨款标准增幅为10％；医学学科的生均拨款标准增幅为62％。此外，我国高校学科门类的划分比较宽泛、包容性较大，许多学科、专业在学科门类中无法体现。因此，生均拨款标准可细化到一级学科，从而使生均成本核算更加具有针对性。包括针对不同层次学生，针对高校所处地区经济发展水平的差异，针对高校人员结构的特殊性等核定不同的生均成本。除考虑学科专业差异以及成本核算更加精细化外，生均拨款制度设计还要关注学科的行业特征，对那些国家发展需要而市场竞争力弱的学科实行学科成本补偿机制，尤其是某些行业特色明显的学科或学校。