人脑计划应该从人类基因组计划吸取不少经验教训，事实也是这样。这次人脑活动图计划一开始就注意与私营机构合作，工业界也从一开始就介入。而人类基因组计划开始时，工业界基本上没有参与。其实这种有组织而重复性、技术性高的工作特别适合高科技企业的参与。同时这次脑图计划一开始就注意协调好与私营机构的关系，避免出现人类基因组计划的NIH与赛莱拉公司的竞争和克雷格·文特这样的强势挑战等等。
另外这次脑图计划在对疾病的治疗前景提法方面很谨慎，不轻言和许诺能治疗什么疾病，只提到会对与脑有关疾病的治疗带来新的思，这与上次是很不相同的，这也是吸取了基因组计划的教训。
以人类基因组计划产生的效益为例
记者：另外值得一提的是，或许是希望得到更多的支持，也可能是出于相关预算能顺利通过，奥巴马的讲话将“大脑活动图”项目与当年绘制人类基因组图谱作比，并称当年“用于绘制人类基因组图谱的每1美元的投资，都获得了140美元的回报。”
鲁白：对人类基因组计划的评价，科学技术界（包括科学界和生物医药界）看法不是很一致，主要的不同意见是认为其未完全达到原先的承诺。当年曾有几方面的承诺，包括从科学上完整解读人类的奥秘，生物技术的大突破，科学研究方式的性改变，产生全新的基因工业，培养新一代的集计算、数据、遗传学等于一身的科学家，并且会对疾病的认识、治疗产生性改变。不少人认为最后一点现在还未完全兑现。
或许是为了替人类基因组计划正名，也是想推动更多的人支持这次的大脑活动图计划，白宫引用了技术合作调研公司的一份“人类基因组计划到底产生了哪些经济影响”的评估调查，这份报告得出的结论是：基因组计划每1美元投入产生了140美元的直接回报，主要体现在联邦和地方从有关基因组的企业得到的税收中，间接的经济效益则包括带动了就业、创造了全新的经济和行业、潜在的治疗机会等等。
其实从广大科学家和一般的社会来看，对人类基因组计划的成效还是认可的，评价大多是正面的。但在美国，对任何一项国家项目的投资都有非常严格的审批程序，所以游说、得到的支持就非常重要。也因为深谙此道，故这次脑图计划的推动者行事操作考虑比较周到，举两个例子：
一是一些科学家提出担心国家把钱投到脑研究中，对其他研究的投入就可能减少。对此NIH出面反复，这次在经费投入上是做加法而不是做减法，即不应该影响原来对科技的投入。其次，也有人提出这次脑图计划的立项是少数人黑箱操作的结果，未听取整个科学界广大科学家的意见。对此，NIH出面邀请反对最激烈的科学家，譬如科利·巴格曼，请她来做脑活动图计划的专家委员会。同时为了避嫌，当初脑活动计划的十几位科学家中只有两人参加专家委员会。