此外，近年梁莹还主持过6项国家自然科学基金项目，以及美国国立卫生研究院（NIH）项目（The Pine Study中国部分）等20余项项目。
梁莹的学术征途一帆风顺，她几乎拿到了青年学者所能拿到的所有荣誉和头衔。她为数不多的隐忧，除了学生的举报，还有同行的质疑。
南京大学社会学院一位要求匿名的老师回忆，最晚在2017年，就有老师以非公开的形式向学院领导反映梁莹的论文可能存在粗制滥造的嫌疑。
息显示，2014年梁莹将精力转为生产英文论文之后，便开始尝试将此前发表的中文论文撤稿。时至今日，梁莹的上百篇中文论文从中国知网、万方、维普等数据库中消失。
她曾向当地解释，撤回中文论文的原因是认为当时的中文论文水平不高。但将一篇公开发表并录入数据库的论文撤回，流程复杂，困难重重，梁莹并没有说清她是如何做到的。
有人试图将这个过程公开化。2018年9月，争议人物主办的“”网站上曾出现两篇质疑梁莹的网帖：《举会科学领域的“韩春雨”南京大学社会学院梁莹教授》、《关于南京大学社会学院梁莹团队论文研究方法的一些疑问》。
前者罗列出梁莹2011年之前发表的51篇中文论文名称，并称“梁教授资金和关系，把她知网曾经发表的几十篇中文文章全部撤稿，这些文章很多有问题，设计数据造假，重复发文等”，除此之外并无实质性内容。
后者则质疑梁莹的部分论文的分析方法、抽样方式和实验数据的可信度，并指出梁莹的部分英文作品或许不算严格意义上完整的科研论文。
2018年10月24日，梁莹早年论文涉嫌学术不端被，直指梁莹的部分中文论文涉嫌抄袭、一稿多投。
学术圈的一稿多投，指作者将一篇论文同时投给两个及两个以上的学术刊物，或将一篇论文投给一个学术刊物后，经简单修改再次投给其他刊物。如果成功，作者的论文发表量将提升。
界面新闻发现，2002年，以梁莹为第一作者、在南京工业大学学报（2001年，梁莹本科就读的南京化工大学与其他院校合并成立南京工业大学）发表的论文《转变中的国家公务员制度——中公务员制度与发展趋势及其比较》，与厦门大学学与行政学系陈振明2001年发表于厦门大学学报的《转变中的国家公务员制度——中公务员制度与发展的趋势及其比较》高度雷同。