2009年以来，林军连续担任三项国家自然科学基金项目主持人，一项国家社科重大项目的子课题负责人，多项国家社会科学基金和国家自然科学基金项目第一参与人，在每一项科研项目中都发挥着重要作用，追求纯粹科研，结果自是水到渠成。2016年7月，林军作为第一参与人参与国家社会科学基金项目“促进生物质利用及技术创新的政策激励机制研究”，通过管理学研究，给出系统的政策以帮助和企业解决如何高效使用生物质，加速清洁能源、循环能源的使用。2017年1月，林军主持国家自然科学基金项目“基于溢出效应的企业绿色产品投资及补偿机制研究”，基于数据、模型从多角度研究绿色产品对企业的溢出效应，即企业投资绿色产品会促进企业其他产品的销售，创造出国家、人民、企业的多赢局面。2018年1月，林军作为国家社科基金重大项目“基于市场导向的重大科技项目的生态和制度优化”的子课题负责人，希望围绕重大科技项目全链条共生演化的行为特征和角色功能定位，以促进科技成功为目标提出有效的生态和制度设计。
回国的时间里，林军赋予了自己更高的理想，他明白科学研究的最终目的是服务社会，哪怕只有一点点的，也是自己努力的方向，是内心对自己的认可、价值的实现。
科研之没有尽头，追寻内心价值的过程同样没有尽头。在主持和参与多项国家科学基金项目之后，以服务国家技术创新管理体系，以科研加政策为工作思，以企业为根基衔接，促进企业与的联系，促进发展为工作内容，成为了林军新的科研目标。
林军将管理学概括为发现关系，进而达到控制和管理的目的，用严谨的科研态度得出让大家都能明白的、能用于指导实践的结论。调研、数据分析、政策分析、总结结论、发表报告，管理学的科研是对耐心的，也是对科研兴趣的，作为应用科学、交叉学科代表，其研究内容和论文发表都需要从宏观出发，配合长时、细致观察，故而管理学论文的写就速度慢。即使如此，林军表了28篇高质量SCI/SSCI国际期刊论文，从2014年起连续四年入选爱思唯尔（Elsevier)中国“高被引”学者。
“我不求做得有多么优秀，只希望通过自己的行动对企业决策和政策制定有一点帮助，为社会做一些贡献”，林军的话很质朴。他的心中有一杆称，一直衡量着科研在内心世界的价值；他的心中还有一面旗帜，一直坚定的自己以科研为，为社会做贡献。
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