园林专业主要学习园林植物等方面的基本理论和基本知识，培养学生从事园林植物繁育、养护管理与应用。
风景园林专业主要学习中国园林史、园林园艺、植物学、建筑工程等课程，培养学生风景园林规划设计、城市规划与设计、风景名胜区和各类城市绿地的规划设计等方面的知识，毕业后在城市建设、园林等部门从事规划设计、施工和管理。
生物制药专业主要学习生物技术及工业药剂学等方面的基本理论知识和专业技能，培养学生对药品的新资源、新产品、新工艺进行研究、开发和设计的初步能力。
药物制剂专业主要学习物理化学、药物化学等课程，培养具备药学、药剂学和药物制剂工程等方面的基本理论知识和基本实验技能，能够在药物制剂及关联的领域从事研究、开发、工艺设计、生产技术改进和质量控制等方面工作的人才。
工程主要研究如何治理。就业方向是市政部门、城建部门和环保部门。而科学专业主要侧重于的质量评价及规划管理预测，主要是监测。
水利水电工程专业偏向于水利枢纽及河道治理的勘测规划，工程设计和施工建设，主要就业渠道为工程设计、施工单位。
在南京理工大学武器系统与发射工程和武器系统与工程的专业名称里，虽然都有“武器”两个字，但前者侧重弹道设计，后者侧重武器设计。
武器系统与发射工程专业所学的主干学科为力学、机械工程、电子科学与技术、控制科学与工程;主要课程包括高等数学、大学物理、大学英语、信息技 术基础、Visual Basic程序设计等。毕业生可在国家有关部门、科研院所、高等院校、部队、企业和管理部门从事武器系统设计、技术开发、产品制造实验测试、机械工程及其 自动化等工作。
武器系统与工程专业所学的主干学科为兵器科学与技术、机械工程、控制科学与工程;主要课程包括工程力学、工程图学、机械设计基础、电工电子技术 等。毕业生可在国家有关部门、科研院所、高等院校、部队、企业和管理部门从事武器系统的理论研究、工程设计、技术开发、产品制造实验测试和科技管理等方面 的工作，也适合于从事民用工程技术领域的科学研究与技术开发工作。
自动化主要培养掌握各种现代化生产的监测、控制、管理技术和各种现代化信息采集、处理与应用技术。
从事工业过程控制、运动控制、检测与自动化仪表、制造业自动化等领域的系统分析、设计、研究、开发、集成和运行的创新应用型高级专门人才。
培养具有电能的生产、传输、分配和使用等方面的基础知识， 具备系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发以及电子与计算机技术应用等领域工作的宽口径“复合型”高级工程技术人才。