随着科学技术的日益发展，医疗技术也逐步系统化和信息化，而药品作为医院业务收入的来源之一在医院的支出中占有着很大的比重，因此如何使用和管理这一大笔支出是医院开展医疗服务工作的重中之重。同时加强药品的监督和管理，制定科学合理的会计核算办法和管理机制，是医院财务管理的重要内容。
近年来，医院逐步在药品管理趋向规范化，但是医院的药品管理作为一项复杂的系统工作，仍然还存在着诸多的问题，因此完善和确定医院药品管理会计核算对于医院药品会计管理具有重要的作用。同时提出的医院药品管理相关举措对于更好的满足医院药品的会计管理，提高经济、社会效益及增强药品资金的使用率确保药品质量具有实践价值。
目前医院在药品管理方面各个医院由于各自的管理方式、管理的基础不同价值领导对于药品的管理重视程度及监管的水平等的不一致，导致了医院在药品管理上还存在着诸多的问题较为明显的主要有药品帐实不符、在医院药品管理计算机应用方面还有待提高、内部控制制度落实不到位且制度不健全、药品盘点重视力度不够盘盈盘亏现象时有发生等等着一系列问题的发生严重的阻碍了医院药品的管理，影响了医院的经济和社会效益。
药品收入作为收入类科目主要是指医院在开展医疗服务的过程中的住院药品门和诊药品收入收入。因此医院在医院药品管理方面应该设置药品收入科目，对出售药品所得的收入进行核算以正确地反映和监督医院在开展医疗服务过程中发生的经济收入情况。目前，绝大数的医院在编制会计报表的时候采用的都是电算化，因此在实际的工作中常常由于收费员做事情粗枝大叶以及其他的社会问题，例如：患者为了能够报销医药费与收费员之间协商药品真是发生的项目或者是医院的会计人员未能真实、准确、及时的将药品的收入账户的贷方发生额同要药房的实际药品数目相匹配。因此导致药品收入账户的数目同实际药房发生的药品数不相一致。为了更好、更准确的调整药品收入，收费员应该要提高自己的从业水平和，做到不窜改药品名称和数目，同时杜绝换药现象的出现，医院在核算的过程中严格执行会计核算的基本原则。
医院在药品管理中还应在资产类科目下设置药品类科目，然后分别按药房、药库等进行明细账的设置从而反映医院药品管理及核算、监督的真实性。具体在医院药品购入验收入库时，对于及时付款的药品应借记“药库药品”，贷记“银行存款”，对于未及时付款的借记“药库药品”，贷记“应付账款药品进销差价”。当医院应付的货款后，借记“应付账款药品进销差价”，贷记“银行存款”。但是目前在医疗卫生事业单位中间，赊销药品的行为实乃普遍，因此药品由于入账时间、、金额等加之医药公司众多很容易出现记账错误或是降低会计工作人员的工作效率因此在会计核算中要设置“应付账款”对药品收入的增减变动及时的列入会计账目中，同时应该定期对药品进行对账包括药库对帐和医药公司对账，此外还可以从其他的方面进行会计核算和监督，真实反应医院的应付账款情况。