到2005年国家农业信息化工程中心组建完成验收时，团队在科研创新能力、工程技术开发能力和软硬件设施建设方面居国内前列。同时建立了农业部农业信息技术重点实验室、农业部农业信息技术创新中心，开发出农业智能系统开发平台、系列实用农业专家系统、“农务通”等一批具有市场前景的农业信息技术软硬件产品在专业技术人才方面得到进一步发展，固定研究人员150多人，其中具有博士、硕士学位人数占中心研究队伍的72%。与1999年2001年期间相比，团队的经费增加了15倍，承担的国家级课题数增加了20倍，获省部级以上励的数增加了2倍。在由科技部组织专家对2001年建设的国家工程技术研究中心验收中，该中心在人才队伍建设、创新能力建设、科研产出和等方面，综合评审名列全国第一，标志团队实现了第二次跨越快速发展。
从2005年到2011年，根据我国农业发展的重大需求和国际农业信息科技和智能装备技术发展趋势，结合自身优势特点，该团队确定了农业智能系统、农业空间信息技术、精准农业技术、农业生物控制工程、农业智能装备技术和农产品快速检测技术六大重点研究方向，进行源头技术创新、技术平台构建和重大产品研发，加强技术的应用。目前，团队总人数达到300多人，其中研究人员占60%，工程开发人员占33%，研究人员中有博士/硕士学位的占80%，成为全国农业信息技术与智能装备领域规模最大和实力最强的综合性专业研究团队。今年11月，团队所在的实验室被农业部批准为农业部农业信息技术综合性实验室。团队先后承担了大批国家863计划、973计划、国家科技支撑计划、国家自然基金、农业部行业专项和市重大科技项目，年产出250篇论文、23部专著、100项国家专利、23项省部级科技励；农业专家系统、精准农业技术和数字农业测控技术研究分别于2006年、2007年、2010年获得国家科学技术二等，标志着团队实现了第三次跨越做大做强。
团队在发展过程中，注重具有优良品质和科学创新的优秀人才培养和队伍建设，形成具有较高学术水平及创新能力的人才群体，以及具有战略眼光的领军人才。团队先后有1人入选国家百千万人才工程、3人获得国务院特殊津贴，6人入选市“新世纪百千万人才工程”、2人获得市有突出贡献专家称号、4人获得市优秀青年知识称号，2人获茅以升青年科技，22人入选市科技新星计划，23人次得到市优秀人才培养资助，3人获得留学回国人员择优资助，8人获得国家博士后科学基金资助，47人次获得国家和市自然科学基金资助。