影响毛细管电泳法分离的因素主要有以下几个方面：①毛细管。毛细管是关键部件，管径、管长、不同物质的涂层厚度对分辨率均有影响。②电泳缓冲液。电渗分离现象在毛细管电泳中起着非常重要的作用，而缓冲液的pH值及浓度对电渗的影响很大，并对分离度产生效应。③电压。在进行电泳时，进样电压和操作电压对分辨率及操作时间会产生影响。④电泳温度。
电流通过毛细管会产生热量，升高温度，使物理参数发生改变，造成样品迁移时间、峰面积的偏差和分离效率下降。
3毛细管电泳在种子科学领域的应用前景3．1在品种鉴定和分类上的应用毛细管电泳与传统的凝胶电泳相比，具有分析速度快，分辨能力高，分析过程全自动化及样品用量少等优点。自1988年发表第一批关于毛细管电泳用于DNA分析的文献后，即引起众多科学家的关注。目前，毛细管电泳已被用于DNA纯度检测，PCR产物分析，DNA序列分析以及酶和多糖蛋白的结构、纯度、稳定性等方面的研究[7叫。如能将毛细管电泳运用于种子生物技术领域的研究，对拓宽种子中酶蛋白、基因片段的分离手段和加快的鉴定分类有重要意义。
3．2在研究种子遗传分析中的应用毛细管电泳在种子遗传分析中的应用国内外已有报道，如Gerber等采用高效毛细管电泳对大豆种子品质的遗传学进行研究分析[1引。变异是群体进化的基础，品种内变异的两个常用度量指标是杂合度和多态信息含量。由于微卫星标记呈共显性遗传，基因型直接反映表型，因此，等位基因频率可通过简单计算获得，进而得出杂合度和多态信息含量。应用毛细管电泳快速灵敏地对微卫星标记进行检测分析，将极大地推动这方面的研究，这些将为开展品种保存、选育及开发利用提供科学依据]。
3．3在种子营养成分分析方面的应用对种子蛋白的分离与表征，传统方法多是采用不同模式的聚丙烯酰胺凝胶电泳和高效液相色谱，这些方法在实际操作中都存在不同程度的局限性，如聚丙烯酰胺凝胶电泳的操作复杂，无法进行定量分析，且分辨率不高，还要使用有毒试剂等；高效液相色谱虽然在一定程度上克服了聚丙烯酰胺凝胶电泳的不足，但其运行成本高，难以在实践中广泛应用。毛细管电泳是从传统电泳发展而来的一种高效、新型的分离分析技术，在蛋白质、氨基酸、核酸等生物的分离分析方面显示出极大的优越性。目前这一技术在作子蛋白研究中已取得重要进展，并显示出广阔的应用前景。
高效毛细管电泳在烟草糖类化合物分析中的应用国内外已有报道，如刘少民等采用高效毛细管电泳一安培法分离测定了烟草中4种寡糖。马强等分离测定了烟草中的5种还原糖(葡萄糖、半乳糖、阿拉伯糖、木糖和麦芽糖)Ll。毛细管电泳还可用于种子内氨基酸、有机酸等组分的测定，这在食品等领域已有较多报道[1，可借鉴到种子分析领域，发展种子营养成分分析方法。