纳税主体难区分。电子商务活动中，交易双方只通过互联网完成交易，真实身份无法查证，容易造成纳税主体模糊化、复杂化，出现“不知道向谁征税”的问题。针对此，税务机关将纳税主体划分为间接电子商务纳税人和直接电子商务纳税人。前者只是借助网络完成信息流与资金流，其物流活动仍为传统模式，可参照传统模式管理。后者是伴随电子商务模式诞生的新一类纳税人，其所有交易都在网上完成，可借助即将出台的信息网络实名登记制度，根据交易双方的IP地址判定纳税主体。
征税客体难定性。电子商务活动中，交易商品日益多元化、无形化，如新出现的数字化信息产品、非物化形式的虚拟财产，导致原有税法以收入、行为和财产为征收客体的认定标准失去用武之地，税务机关难以通过现行税制确认纳税人的销售行为应征收何种流转税，税率如何确定等问题。因此，在原有的收入、行为和财产三类征税客体基础上增加虚拟商品类，重新定义其适应税率。
纳税义务发生地难确定。传统贸易中，税务机关可根据纳税人的户籍所在地、营业执照颁发地、生产经营地等判断纳税人的纳税地点。但电子商务的虚拟化、无形化和隐匿化，使从事网络贸易者可轻易在全球范围内从事经营活动，且这种活动往往因没有固定的交易场所而难以追踪，导致税务机关无法准确判定纳税人的经营地或纳税行为发生地，从而无法正确实施税收管辖权。就此，在国家税务总局层面成立统一的电子商务税收管理局，负责对在我国境内负有纳税义务的电子商务交易进行税款的征收与管理。这样可免除纳税义务发生地的判定问题，统一由电子商务税收管理局负责征管。若涉及国家与地方的税收分成问题，可参照纳税主体问题的判定依据，即根据交易双方的IP地址所属地理，按比例进行分配。
第四步：依据商户银行资金往来信息征收税款
根据税收征管法，税务机关有权对未设账簿的纳税人核定应纳税额，即通过核查纳税人的从业人数、生产设备、使用原材料和所产应税产品等指标，核定其应纳税额。而在电子商务模式下，税务机关通常很难了解纳税人的这类指标，加上电子记录信息的可靠性难，传统的核定征收税款方式不再适用。
针对这个问题，以纳税人银行账户往来金额、数据下载量等作为观察指标，结合具体交易内容确定应税所得率，对网上销售纳税人进行核定征收。
第五步：建立高度集成化的电子税务稽查系统
按照税收征管法，税务机关有权对纳税人进行税务检查。在传统的税务检查模式下，税务机关通常是通过大量纸质凭证了解纳税人信息，分析其纳税行为是否异常。而在电子商务模式下，纳税人的销售合同、交易数据、计税凭证和账簿等信息绝大部分以电子数据形式存在，容易被修改和隐藏，加上信息加密技术在电子商务领域应用普遍，目前仍没有可靠的技术手段电子商务交易记录真实、可靠，税务机关依靠传统检查方式，已经无法获取纳税人的真实经营信息。
对此，相关方面主导研发涵盖征管、稽查、防伪税控、管理等系统的电子税务稽查系统，使稽查人员可以快速调取电子商务纳税人的税务登记信息，围绕银行资金结算环节，实施科学、高效的税务稽查。（来源：中华会计网校 编选：中国电子商务研究中心）