2000年，武书连发表了国内第一个概括中国高校基本功能的大学综合评价---《中国大学评价1998》和《中国大学研究生院评价》。《中国大学评价1998》创立了以“对社会的贡献作为唯一衡量标准”的中国大学综合评价体系。
四、武书连2002年实现了不同学科的直接比较
2002年，武书连连续发表《2002中国大学评价》、《2002中国大学研究生院评价》、《再探大学分类》3篇论文。3篇论文针对2000年中国高校大规模合并重组后形成的新格局，应用武书连建立的新的大学分类标准，以“不同学科的科研人员平均具有相同创新能力”的科学假设，取代了“不同类型大学的科研人员平均具有相同创新能力”的科学假设。新的科学假设用“学科归一”的方法在国内外首次实现了不同学科之间的直接比较，使不同类型大学之间的相互比较更加准确。
新的评价体系的评价范畴涵盖国内11个学科门、71个本科学科类、全部258个本科专业，以及研究生11个学科门、80个一级学科、全部361个二级学科。这种全面覆盖一个大国所有学科门类和专业的大学排行榜在国内外是第一个。武书连是第一个完成了中国全部本科大学、全部研究生一级学科和二级学科、全部本科专业评价的学者。
至此，武书连1991年提出的自主创建中国大学评价体系，以及目标评价、综合评价、定量评价的学术目标，已经全部实现。
2002年起，中国统计出版社在对武书连的大学评价进行了严格的统计学审查后，开始每年出版武书连主编的《挑大学 选专业高考(微博)志愿填报指南》和《挑大学 选专业考研(微博)择校指南》，供高中毕业生报考大学、大学毕业生报考研究生参考。至今已经连续11年。
2010年4月，武书连发表《2010中国大学评价》论文。该论文针对社会上有关大学评价“潜规则”的质疑，在既往基础上，放弃了其中难以重复的问卷调查类指标，大量采用国家行政部门公开发布的数据，建立了公开、透明，全部结果可重复、可检验的中国大学评价体系。使任何对武书连大学评价结果有怀疑的组织和个人，都能方便地运用同一数学模型检验大学排名。
五、武书连建立了总量控制、各学科机会均等的《科学引文数据库》