1935年，罗元恺以第一名的成绩在广东中医药专门学校毕业，考取了广州市中医师资格证书，并留在学校的附属医院广东中医院做医生，兼任该校《金匮要略》课教师，讲授内科杂病。在临证与教学工作中，他接触到许多危重、疑难的病症，在实践中逐渐积累经验，为其后续的专科学术发展打下扎实的根基。
从医之后，他还在当时的广州大学学习法律专业，跟岭南书法名家麦华三成为同窗好友，并在那里与后来成为他妻子的廖锦华相识。这种多学科的博闻交融，为他以后成为一代大师奠定基础。
1938年10月，日军在广东大亚湾登陆，直逼广州。广东中医院停业疏散。罗元恺与家人离开广州，返回故乡南海县。一个月后，日军进犯南海，他乃转道，行医谋生。1939年，广东中医药专门学校迁至授课，他继续在母校任教。那时，廖锦华也去了教书，两人在结婚。
1941年沦陷，罗家又返回。罗棣华在途中不幸感染霍乱去世。罗元恺夫妇从桂林绕道逃难至韶关。当时韶关是后方，相对安定，罗元恺继续行医。后来与母校的校董、校友等筹划在韶关复办中医学校。但正当筹备就绪准备开课时，日军又拟进犯韶关，复校之事乃告吹，他又转往广东西北部之山区连县。除在县城开业诊病，他还与当地老中医赵伯平创办了连县中医讲习所，全部课程均由他编写讲义及讲授。
在抗战期间，虽然颠沛，生活，他仍于中医教育事业，为培养人才而贡献力量。
1945年日本投降，罗元恺返回广州，与校董、校友们取得联系，筹划中医院校的复办。但学校和医院已在战争中受到严重，设备全部散失，经过一番努力，学校于1946年秋招生复课，医院则延至1948年秋才得以复业，而罗元恺亦回母校任教。