对于开展代投代写论文等学术造假业务，吴枫否认是违法行为，“国家没有出台正式法律条款，不违法的事情公司为什么不能做？你可以说违规，但是没有相应的处罚，这些也只可能是层面上的。”他还就代写问题发表自己的看法，“写手自己原创出来的文章，再把著作权转让给客户，这并不违法。”
对于前述问题，李科鑫回应称，“公司确实开展了这些业务，但是否违法违规需要相关部门调查，如经调查违法，需要整改的我们会配合并接受处罚。”对于《关于进一步加强科研诚信建设的若干意见》等文件，李科鑫称，“不管还是条例，最终要看执法部门的意见。
两位股东极力否认虚开一事，他们给出的解释是，“社不会开，由公司给客户开具版面费。”不过该公司一份“业务指南：进阶版”中写明：“出于运营成本考虑，公司是注册为小规模纳税人，小规模纳税人的标准是工业30万元以下，商业80万元以下，超过就要认定为一般纳税人。额是17%，对于我们这个行业来说是无法承受的。”
这份内部资料提及，公司业务不仅只有论文发表，还有期刊运营、期刊优化两项。所以每年分配给论文发表业务的额度最多40万，“财务公司已经帮我们把控好了开票额度，超出这个额度就不能再开了。”
“公司可以给客户提供普通（国税），上是6个点，但是对客户一律收取10个点（税）。因为我们一年的销售额远超出40万，需要用收费来避免一些不必要的需求。”这份内部资料还特别注明，“内部解释，不要发给客户。”
湖南睿邦律师事务所执行主任律师说，根据《刑法》，不仅虚开专用是违法犯罪的行为，虚开普通达到一定数额，同样也涉嫌犯罪。11月1日，记者将情况反映给国家税务总局长沙高新区税务局，该局表示会对智方文化公司展开调查。
记者卧底参加智方文化公司培训时，销售主管刘女士拿出一本《冶金与材料》，“公司承包了这本，我们每年给几十万承包费，社作为版权方授权收稿并印刷，李总还是这本的主编。”
对此，该公司内部资料提供了相应的话术：“目前学术期刊行业存在正常的市场经营行为，很多社都会委托第三方公司代为运营，社里专心审核，校对。”李科鑫也声称是这本的主编，但他否认公司承包，“在中国知网查询就会发现，在2017年有两期没出刊，因为社没人没钱也没，所以主动找到公司，我们收到稿子后社按篇结算。”