MRF能在MR硬件水平上获得更好的图像质量；而硬件条件较差时，MRF也可获得与目前MR同等质量的图像；提示在硬件条件较差的医院，采用MRF也可获得满意的检查效果。MRF可在足够长的时间内获得ROI多种数据，使MRF定性诊断组织成为可能。如果“指纹库”中存有已知病理组织的“指纹”，理论上，MRF可能将ROI组织与“库”对比，找出相应的病理组织，并进行定性诊断。此外，MRF与CS密切相关，使其成为计算机辅助诊断（Computer aided diagnosis,CAD）分析多参数MR数据的切入点。
有学者采用MRF观察脑血管的正常血容量、血管直径及氧合图谱，建立烟雾病、脑卒中及脑肿瘤血管模型；还采用MRF分析腹部脏器、脑肿瘤、心肌及前列腺癌。婚外沉沦
MRF首先应用于检测脑组织。Badve等采用MRF检测无症状志愿者的脑组织，发现脑的不同部位在不同年龄及性别的弛豫时间相异，且某些特定部位的改变与年龄密切相关；MRF定量检测脑组织的有效性，且研究结果支持目前神经生物学的理论；Badve等还将检测数据制成“指纹库”，以供后续研究参考。同时上述研究也了MRF的不足：由于当时MRF无三维重建技术，所获取的MR图像均为层厚1.2mm的二维图像，导致标注不同脑组织结构的准确性受到影响。201７年，Badve等采用MRF检测脑内肿瘤，发现不同级别胶质瘤的T1、T2值差异有统计学意义，提示MRF可更加准确地诊断脑肿瘤恶性程度分级；但该研究样本数量和肿瘤类别较少，未来研究中可加大样本量及疾病种类，并结合基因及标记物进行研究。
MR可清晰显示肝及前列腺等实质脏器；而空腔脏器，如胃和肠等，由于运动及空气与腔壁交界处不均匀等原因导致伪影，从而影响成像质量。腹部MR需在一次屏气中完成图像获取，故扫描时间要求尽可能短。MRF成像较快，且可采用“指纹演变库”校对伪影，故在探查腹盆腔疾病中具有独特优势。Chen等采用MRF在19s的上腹部扫描时间内，可同时获得腹部组织的各类参数，包括腹腔各正常组织以及转移灶的T1、T2值，此研究结果支持转移灶T1及T2值较高的观点，并发现T1值有望成为预测疾病预后的指征。
Yu采用MRF联合弥散技术检测前列腺癌的T1、T2和ADC值，发现采用上述测值可鉴别诊断前列腺周围组织癌与前列腺增生组织及不同级别的前列腺癌；提示MRF可定量检测病灶，但因获取MRF及ADC数据需两次的扫描过程，故所获取的T1、T2图像及ADC图像可能存在错位的风险。联合获取多种参数的高分辨率序列有待进一步开发。
Hamilton等采用心电触发MRF扫描心脏，在11名受检者单次屏气（分别约4～16次心跳）时间内，便可测得心肌T1、T2及M0值；且上述测值的准确性与传统定量扫描技术相同。由于此项技术的“库”与心率相关，故当扫描数据在时空高度不连续的情况下，受检者心律不齐不仅不会干扰图像，反而能成为图“库”配套的线索；但此项技术不适合无法长时间屏气或心率快的患者。