巫宁耕教授研究领域包括经济学、世界经济概论、发展中国家经济、印度经济、第三世界经济、马列著作、现代资本主义等。在其研究生涯中，出版了多部重量级著作，包括《战后发展中国家经济》（概论）（分论）、《世界经济概论》、《世界经济》、《国际贸易理论》、《亚洲四小龙的致富之》、《论当代资本主义》、《帝国主义对第三世界的剥削和》等。1974年，为筹备第六届特别联大，参加了外贸部组建的原料和发展问题课题组工作。1995年，应国家教委，，外贸部，南开大学APEC中心之邀为在日本大阪举行的APEC部长级会议和APEC领导人非正式会议提供咨询报告。2003年，应国家教委，，外贸部，南开大学APEC中心之邀为在泰国举行的APEC部长级会议和APEC领导人非正式会议提供咨询报告。
20世纪80年代后是巫宁耕教授教学、研究和对外学术交流活动获得丰硕的时期。在发展中国家经济研究方面，1986年和1988年先后出版了国内第一部《战后发展中国家经济》（概论）（分论）。该书不仅集中了当时国内学者的学术，还提出许多理论创新，提出要根据战后实际情况来研究同志关于殖民地问题的理论；他最早提出80年代发展中国家的困难是发展危机的论断等。此书在国内影响较大，被许多高校列为教材，获北大优秀教材。同时，他联系中国实际，就发展中国家的发展战略、经济体制、技术引进、农业发展、人才培养和流失、利用外资和南北经济关系等方面发表了一系列论文，受到学术界的重视，也为决策部门提供了帮助。
在亚太经济合作研究方面，1986年，他到新加坡和作短期访问返回后，翌年在《红旗》发表了《亚洲“四小龙”经济奇迹剖析》。文章冲破了以往对亚洲“四小龙”研究中的主义倾向，提出“四小龙”发展中既有它们的特殊性，也有反映经济发展客观规律的经验，需要认真研究。论文引起很大反响。日本《每日新闻》1987年4月7日发表署名文章，认为该文“表明中国内部出现了现实主义想法”。上世纪90年代，他在对亚洲“四小龙”发展继续深入研究的同时，还紧密配合对外的需要，集中研究东亚经济合作和APEC（亚太经合组织）进程提出的问题，撰写了不少咨询报告和论文，获得有关部门表彰。
界经济理论和实际研究方面，他先后参加了《世界经济》、《现代资本主义》、《现代资本主义市场经济运行机制》、《全球问题》、a型血人的性格《经济学》、《宏观经济管理》等著作和教材的合作撰写工作，为提高学校教学质量和国内学术