2016年9月23日，至少有四家参与投标的公司向该项目代理机构省国际招标有限公司提交质疑函，认为该项目在采购活动中没有执行原先公示的最低评标价法。
2016年9月30日，国家自然科学基金委网站显示，韩春雨的“NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善与应用探究”项目获批100万科学基金，自2017年1月开始，为期两年。
2016年10月10日，大学生命科学学院教授魏文胜等13位中国生物学家在上公开发声，他们无法重复该实验结果，一致表示了希望韩春雨能公开所有原始数据，韩春雨所在科技大学及其他相关单位（如：国家自然科学基金委员会）启动学术调查。
2016年11月11日，由中国科学院主管的英文期刊《细胞研究（Cell Research）》在线发表了一篇南通大学神经再生重点实验室副教授刘东和复旦大学生命科学学院研究员王永明等的“致编辑信”，他们在使用NgAgo之后，虽然发现了NgAgo的其他特性，但并没有发现任何基因编辑的现象。
2016年11月16日，国内外20位生物学家在国际期刊《蛋白质与细胞》上发表学术通讯《关于NgAgo的疑问》，质疑韩春雨团队该论文的可重复性。20位学者在各自的实验室进行了重复实验，但在不同细胞系和生物中无法检测到NgAgo技术所产生的基因编辑现象。
韩春雨对澎湃新闻回应称，“他们重复不出来，这是一个新问题。我发第一篇文章并没有解决这些问题。科学里边有很多因素是不知道的。从有的实验室不能重复，到重复性差，到以后能经常重复，这是一个递进的过程，是个从偶然到必然的过程。”
韩春雨还说，“自从别人提起重复性的问题，我就也用外边的细胞株开始做了，一开始发现确实存在重复不出来的问题。但是现在我拿外边的细胞株已经可以重复出来了。这中间到底有什么不同，作为一名科研工作者，要用实验的方式回应。我会通过学术期刊给予回应的。”
2016年11月23日，《自然》再次报道“NgAgo事件”。在这篇题为《NgAgo基因编辑争议在同行评议论文中升级》的报道中，韩春雨称，他已经发现了一个问题，这个问题可能被他人忽视但可以用来解释为什么难以重复他的实验。“我现在不能说，因为中国的对我说的任何线日，来自美国、和韩国的生物学家在《自然-生物技术》发表通信文章，同样报告了该实验无法重复。与通信文章同时发表的，还有《自然-生物技术》的一篇“编辑部关注”及声明，“提醒读者对原论文结果（韩春雨课题组论文）的可重复性存有担忧”，并表示正在调查该论文，原作者“补充信息和来给原论文提供依据常重要的”。《自然-生物技术》表示将在2017年1月底之前完成其调查，并向公布最新进展。”