2016年5月26日，“未名空间”论坛上出现了“纯从科学角度分析韩春雨的文章”的帖子，认为韩春雨的论文从Ago理论上看行不通。此后，在百度贴吧、知乎等论坛上，类似质疑不断出现。
2016年5月27日，韩春雨应大学生物动态光学成像中心魏文胜教授之邀在生科院作学术报告。当时韩春雨的PPT演示已经被指不够严谨，且有多处纰漏。
2016年6月7日，“基因编辑技术的研究与应用”为主题的香山科学会议召开，韩春雨第一次作为受邀嘉宾参加了会议，并作了中心议题评述报告。有参会者向澎湃新闻透露，会议期间，韩春雨不愿回应同行关于实验的咨询。
2016年6月28日，网名为“槐北”的韩春雨在贴吧上回复网友，新系统刚出来都会“不好使”，他也认同目前NgAgo系统不够稳定，等2.0版本出来会找专门机构免费发放。
2016年6月30日，发文质疑韩春雨：“据听报告的人说，韩春雨在北大和遗传所的报告上都强调，他目前的NgAgo是初级版、需要高超的实验技巧、等他推出2.0版和Smart版。这些说法跟他在论文里的描述是矛盾的。因为他描述的只是个并不复杂的转染实验，T7E1和测序也都是现成的技术，并不需要高超的实验技巧，按照其提供的步骤应该是不难被重复出来的。”
2016年7月2日，在贴有质疑原文的帖子中，韩春雨进行了较为详细的回应，强调NgAgo系统对污染特别，实验时不要有寄生菌和支原体的污染，并对实验环节做出技术性的。
2016年7月21日，中国科学院上海神经科学研究所研究员仇子龙在自己的微博认证账号“求导”上发文，表示实验室仍在重复韩春雨的实验，优化各种条件，目前的实验结果距离韩春雨论文中的结果“相差甚远”，并呼吁韩春雨提供“可重复NBT发表文章的NgAgo，或者优化的Ngago2.0，smart版本等等”。
2016年7月21日，国立大学的基因学家盖坦·布尔焦（Gaetan Burgio）在推特上发布长文《我的NgAgo经历》，否认了自己7月15日之前部分重复实验时得出的结论，表示并无严格意义上的显示韩春雨的NgAgo-gDNA技术有基因编辑的迹象，并且要求韩春雨公开所有原始数据和实验条件。
对此，韩春雨在接受澎湃新闻（）采访时表示，“似乎不用我回应，我看了下，（澎湃新闻）跟帖留言的人不少内行。”
2016年7月30日，西班牙高等科学委员会（CSIC）下设的国立生物技术中心（Centro Nacional de Biotecnologia）的科学家易斯·蒙特柳（Lluis Montoliu）发表博文称，他已经停止了所有关于NgAgo的项目，同时“所有想做这件事人不要再浪费资源”。