2005年3月31日双方股权交易完成之后，GE太平洋将转让价款的27.3%作为托管金，保留在了花旗银行分行的专门账户里，托管期限为2年，也就是2007年3月31日这笔钱应该付给新华集团。
根据另行签订的托管协议约定，托管金作为买方索赔以及以新华工程净资产为调整基础的购买价调整额的，只有在满足一些要求之后，托管金的余额方可支付给卖方。
令人意想不到的是，在托管协议到期日前的2007年3月7日，GE公司以软件许可、环保等原因，及未披露的重大合同、潜在的税务责任、违反不竞争不干扰义务等事项向新华集团索赔不少于1261万美元，已超出托管金总额。
同时，GE向托管银行发出，要求托管银行从托管金中支付上述索赔款。获知此信息后，新华集团及时向托管银行发出了证明。如此一来，根据托管协议的约定，该笔托管金被银行冻结。
针对GE的高额索赔，新华集团称，公司多次努力与GE沟通，试图消除(包括请税务、环保主管向GE当面解释)，撤回索赔，但GE仍然索赔立场不变。
在多次协商无果的情况下，2007年9月6日，新华集团按照股权转让协议的约定，向国际仲裁中心提起仲裁，请求仲裁机构责令GE支付剩余的股权转让价款。几乎同时，由于对与GE的合作不再乐观，新华集团向GE发出了《关于要求GE收购新华控制工程有限公司10%股权的通知》。根据双方此前的股权转让协议及新华工程合资合同相关条款，GE对该收购要求应无条件接受，股权转让协议应在一个月内签署。GE随即回函表示同意收购，但支付2004年底双方股权转让协议确认的对价，并就“不竞争事项”向新华集团另外索赔1000万美元。双方矛盾逐渐公开化。
新华集团法务经理刘战尧表示，GE的索赔“根本没有道理。比如潜在的税务责任一项，新华集团曾向主管税务部门就该项索赔问题进行了请示，税务部门认为，新华工程在由新华集团控股经营期间，一直有着良好的纳税记录，GE索赔涉及的事项并不存在。在新华集团和GE就纠纷进行协商时，主管税务部门还当面向GE作了解释，但GE仍然自己的要求”。
新华集团认为，股权转让合同写明：如果发生赔偿，也只赔直接损失。成交前新华工程的税务并没有任何问题会招致潜在的税务责任;而即使有潜在的税务责任，按照股权转让合同中只赔偿直接损失的原则，也只有当所谓“潜在税务责任”变成现实的税务责任时，GE才能就税务问题索赔。当前GE就税务提出的索赔是毫无根据的。
刘战尧认为，新华集团由于轻信GE的笼统承诺，没有把承诺的内容具体化，使之具有可执行性，让自己陷入了被动。“比如GE在股权转让协议中承诺了促进新华工程产品出口的义务，但这项义务没有具体时间和数量上的要求，更没有违约责任的约定;这样的条款形同虚设，根本起不到应有的作用。”