在中药复方有效成分研究日益兴盛的今天，充分利用药对理论的引导价值，将执简驭繁。单味中药的有效成分比较复杂，而影响中药复方药理作用的因素则更加多样和不确定，这给研究工作带来了相当大的阻力。如能运用药对理论的引导价值，在所研究方剂中提取出核心配伍部分，进行有效点的成分研究，将化繁为简，成为事半功倍的一条捷径。在此基础上，再结合其它配伍研究方法，相互促进，最终必将可以阐明中药复方作用的实质。此外，药对理论的形成是一个循序渐进的过程，而理论一旦形成，必然反过来指导临床用药。可以针对一些药对在方剂中作为主要成分，而使方剂功效更为突出这一特性，依据不同证候，以此药对为基础，加减变化，归纳出一组类方，以适应同一病症不同证型的病人。
药对理论有其比较完善的理论体系，灵活地将药对理论应用于中药复方的现代研究中，对于理解中药复方治病原理，丰富和发展中药复方的临证应用都有着非常重要的意义与作用。当然，无论是进行何种方剂配伍研究，应用药对时都必须遵循方剂配伍理论的自身规律。药对理论虽然有着自己比较完整的理论体系，但它与方剂有着密不可分的联系。它只要存在于方剂之中，就必然遵守方剂的配伍规律。如果这种规律，的运用药对理论，这就会成为制约药对理论发展的瓶颈。总之，药对可以说明一定的配伍关系，但它代替不了方剂的配伍关系。