通过深化教学，调整专业结构，积极开展人才培养模式的探索与实践，形成了数控技术、印刷图文信息处理、初等教育、护理、口腔医学等几个较有特色的专业。护理专业成为省级重点专业，印刷图文信息处理专业成为省级教改试点专业。写作、高等数学、病理学、多课件制作、网页设计等5门课程评为省级精品课程，基础物理实验室通过省级合格评估验收。线性代数、计算机应用基础、制版工艺、外科护理学、教育原理等14种教材，列为普通高等教育“十一五”国家级教材。“高级护理专业‘两段制’教学与人才培养模式的研究”获省级教学，获省级其它教学励20项。
学院先后承担省、市科研课题34项。获地方科技进步7项，获省人民社会科学优秀三等1项，获国家专利8项。教师出版著作30余部，主编、参编各类教材138余部。在核心期刊发表论文179篇。被SCI、EI、ISTP检索性期刊摘编论文18篇，1986年创刊的《荆门职业技术学院学报》，先后被评为湖北省优秀期刊、首届全国优秀社科学报、全国高职高专优秀学报二等、湖北省高校人文社会科学优秀学报、第二届全国优秀栏目策划学报等。被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国核心期刊（遴选）数据库》等9家刊物和数据库收录。在2006年全国高职高专学报“三优”评比中，获优秀学报一等。
学院全面实施素质教育，学生的思想素质和职业技能有很大提高。学生集体和个人在全国、全省各类竞赛中获得优良成绩。学生刘芳艳“携盲母上大学”的事迹受到中央宣传部、教育部、湖北省委领导的高度重视，名列2006年全国十大“中华孝亲敬老楷模”。荆门职院在2004年湖北省高职高专毕业生就业工作综合评估中总分排名第一，2006年被评为毕业生就业工作先进集体；在2006年高职高专人才培养工作水平评估中，15项二级指标获得全优，并有鲜明特色。
学院建有高等教育研究所、化工研究所、医药生物技术研究所、农村发展研究所、经济发展研究所、华夏文化研究中心等研究机构。近些年教师承担省、市科研课题61项，获地方科技进步7项，获省人民社会科学优秀3项，获国家专利8项。出版著作40部，主编、参编各类教材227部。在核心期刊上发表论文275篇，被《科学引文索引》（SCI）、《工程索引》（EI）等收录18篇、被《美国化学文摘》（CA）、《中国数学文摘》、《新华文摘》、《复印报刊资料》、《高等学校文科学报文摘》等二、专业检索期刊转载、摘编61篇。