虽然被认为是论文造假者可能的最严厉的惩罚制度，但教育部在7月16日公布的《关于对学位论文作假行为的暂行处理办法(征求意见稿)》(以下简称《办法》)仍被一些知名打假人士和教育问题观察者认为存在问题，比如条款太抽象，太笼统，一些惩处措施缺乏可操作性等。
《办法》未对抄袭、剽窃的概念作出界定
知名学术打假人告诉中国青年报记者，《办法》不仅未对抄袭或剽窃的概念作出界定，而且也没有分清抄袭(或剽窃)的多种不同情况，例如是观点剽窃、数据抄袭还是文字抄袭，是整体抄袭、大部分抄袭、小部分抄袭还是个别地方抄袭，不同的情节应予不同程度的处理，但这些都没有具体。“这个处理办法还只是很虚的原则性条条，不具有可操作性。”
21世纪教育研究院副院长熊丙奇也认为，我们国家没有学术共同体，评价标准也不一，对抄袭和剽窃的定义各行其是。过去的学术不端或学术问题难处理，就是因为相关原则性过强，可操作性差，即使社会上共同认定的抄袭、剽窃行为，当事人也总会作出“过度引用”等逃避责任，从而导致对学术失范的“零”变成了“零作为”。“要让这个《办法》有可操作性，必须要出台实施细则，将一些概念作出界定，不能留下太大的裁量空间”。
复旦大学图书馆馆长、教育部社会科学委员会学风建设委员会副主任葛剑雄也认为，这个暂行处理办法没有对一些概念比如抄袭、剽窃等作出界定，肯定会在实际案例中引发争议。“应由主管部门(如教育部学位办、各省市教委)根据实际情况制定细则。”
学生论文有问题该不该问责指导教师
《办法》中的一些具体条款也引发了争议。如第八条，“指导教师未尽到学术和学术规范教育、论文指导和审查把关等职责，其负责指导的学生学位论文存在购买、他人代写或者抄袭、剽窃等作假情形的，学位授予单位视情节轻重，可暂停其招生、取消指导教师资格，并可给予处分直至解除聘任合同等处理”。