学位论文版权不明晰。我国学位论文涉及国家、培养机构、导师和学生四个主体，在学位论文版权使用授权过程中存在学位论文版权协议签订不和不规范、对学位论文的著作权人界定不清晰以及版权协议对开展服务和转授权不明确等现状，学位论文版权协议主要是培养机构单方制定的条款，而且不同培养机构对学位论文的著作权人归属各不相同，还有相当部分学位论文没有明确著作权的归属方，仅以学生作为著作权使用授权方，没有明确学位论文收藏单位对学位论文服务范围，不便于学位论文利用。另一方面，国家在研究生培养中投入了大量资源，应拥有对这些资源的统一规划权，这些资源在国家科技发展、科学规划中发挥更大作用。
我国每年产生一批涉及国家高精尖端和军事技术的学位论文，虽然已建立涉密学位论文收藏和管理相关制度，但每个培养机构均按各自制定的安全制度管理并确定涉密论文密级和保密年限，造成国内学位论文安全管理存在保密责任不明确、密级设置不统一等情况，致使涉密学位论文可能会泄露我国国家战略和科技安全的相关机密，给、国防安全、科技安全带来。另一方面，也存在学位论文过度保密现象。如为了规避论文抽检，将本不应该涉密的学位论文设置为保密，有的涉密学位论文在达到保密年限后仍然处于保密状态。这种现象也影响了这些学位论文在科学交流中发挥作用，扬州发改委蒋珊照片浪费了国家、科研机构、高校等为培养研究生所投入的资源。
一方面，在学位论文涉密评审过程中存在较强主观性，常常以导师或研究生的个人意志来决定学位论文涉密内容和级别，有的学者想通过学位论文增加自身知名度，将可能涉密的学位论文定为公开级别，埋下泄密的隐患，学位论文作者、导师和培养单位仍然存在保密意识薄弱和涉密评审带有较强的主观性。另一方面，学位论文安全管理制度存在走过场问题，致使学位论文过程监管存在安全管理隐患，涉及国家军事、国计民生等整体产品和技术以片段形式出现多篇学位论文中，这些看似不相关的零碎片段，境外情报机构通过公网采集学位论文后，借助大数据分析方法贯穿分析获取我国和科技安全的涉密信息，导致被动泄密。
美国明确学生拥有学位论文的著作权所有权，培养机构拥有学位论文的使用权，明确UMI（美国学位论文数据库建设商）负责收藏美国高校出版的数字学位论文，图书馆指定的收藏全美博士硕士论文的分馆，负责代理作者登记电子学位论文版权，统一加工各大学提交的学位论文信息，并收取一定出版费用，通过PQDT提供电子学位论文元数据和全文的商业性服务，结合非营利的各种途径实现学位论文全方位的开发利用。