植物多组学研究的关键，则是强大的检测分析工具。当前在检测技术方面，主要包括核磁共振平台及质谱平台。在代谢物分析方面，研究人员已经提出了多个概念，主要包括目标分析、代谢组分分析、代谢产物轮廓分析等等。近些年来，伴随着检测技术及分析方法的进步与完善，代谢组学在植物领域当中的研究项目，相对而言也会有所增加，相应的研究领域也在不断拓展。然而相对于基因组学，转录组学等研究领域的快速发展，植物代谢组学的研究，还是比较滞后的。为此，针对多组学在植物研究领域中的相关应用，对于人们而言，则应当要重点了解。
其一、基因功能解析研究，它是目前分子生物学领域研究的热点所在，也是揭示生物的遗传背景，发育规律的基础所在。代谢组分是基因表达的产物，基因表达水平极其微小的变化，都会导致代谢物种类及含量的改变。为此，能够根据代谢物种类及含量的不同，可以将多个不同基因型进行区分。根据上述分析，人们即可知道，代谢组学是一种对物种基因型进行合理分类的方法。
其二、对植物的代谢途径及网络调控机理进行研究，植物的代谢途径，通常主要分为初生代谢及次生代谢。当前对植物初生代谢途径，代谢产物及调控方式的研究较为深入，然而对次生代谢的研究则远远不够。然而代谢组学数据分析能力强大，能够快速的定性及定量，某一代谢途径相关的前体及衍生物。与此同时，还能够通过对某一代谢组种类及含量的检测，来推测代谢网络调控机理。未来一段时期，随着多组学技术的不断完善，在植物研究领域当中的应用将会有所增加。