回顾我国高等医药学教育的发展，特别是新中国成立以来专业学科设置的发展历程，对于我们了解高等医药学教育的发展规律，探讨将来的发展趋势具有十分重要的作用。从高等医药学专业学科的设置来看，主要分为如下几个阶段：
1949年新中国成立时，我国的高等医药学教育中只有医学、牙医学和药学3类，1950年时新增公共卫生系。但当时各系、科修业年限的设置比较混乱，其中仅医学就有4~7年学制的不同。
在20世纪50年代初期，我国的高等医学教育主要移植了苏联的模式，包括它的专业设置、教学计划和教材等。1955年，新增儿科医学专业，并将牙医学改名为口腔医学专业。1956年新增中医学专业，这时医药学类的专业数达到了6种。在学制上，这一阶段也逐渐进行了统一，医学、中医学、卫生学、儿科学均为5年制，而口腔医学和药学均为4年制。
这一时期的一个显著特点就是进入了学科专业设置的期，主要表现为专业设置数量迅速攀升，特别是药学相关类专业，到1962年时总数达到了19个；另一个特点就是部分专业设置过细过专，而且名称不规范、不统一，修业年限根据各校的情况而重新变得多样化。
针对前一阶段专业和学制设置的混乱局面，1963年9月，国务院批准了国家计委、教育部《关于修订〈高等学校通用专业目录〉和〈高等学校绝密、机密专业目录〉的报告》，增设了一些国家建设所需要的新专业，调整了一些专业的业务范围，归并了一些过窄的专业，统一了专业名称。在《高等学校通用专业目录》中，医药类相关专业有10种，即医学、卫生学、儿科学、口腔医学、中医学、药学、中药学、药物化学、护理学和医学检验等。1965年，新增了蒙医学专业，这时医药学本科专业达到11种。
十年期间，我国的高等医学教育基本处于混乱和瘫痪状态。1977年，全国普通高等医药院校才开始恢复招收正式本科学生。1978年，医药学本科专业达到20种，即在1963年10种专业的基础上，新增加了五官科学、煤矿医学、卫生检验、毒理学、针灸推拿伤科、药理学、药剂学、化学制药、抗生素制药、化学等。到了1986年，医药学专业更是增加到48种。
1986年，国家教委针对医药类专业设置不适应社会发展需要，专业划分不够恰当、名称不尽科学、方向不够明确的弊端，组织了大规模的医药学本科专业目录修订工作，并于1987年正式推出《全国普通高等学校医药本科专业目录》，其中医药学专业被分为10大类57种，包括试办专业10种。
针对1987年版专业目录中仍然存在的专业划分过细，专业范围过窄，专业名称不尽科学及重复设置等问题，国家教委在1993年7月又组织对《全国普通高等学校医药本科专业目录》进行了修订。本次专业调整幅度较小，基本上仍沿袭了1987年目录的框架。在修订目录中，医药类专业，共设9大类，37种专业。