学校“不重其全，重其优；不重其大，重其特；不重其名，重其实”的办学，以“研究教学型、特色型和外向型”为办学定位，全校师生朝着“全国一流、世界著名的中医药大学”办学目标共同前进。
学科实力
2012年国家一级学科评估排名：
中药学： 全国第一名
中医学： 全国第二名
医结合：全国第三名
一级学科国家重点学科：
中药学
二级学科国家重点学科：
中医内科学
中医外科学
中医骨伤科学
针灸推拿学（培育）
中医医史文献（培育）
国家中医药管理局重点学科（38个）：
各家学说、中医诊断学、中医工程、植物资源学、中医肝病、中医传染病、中医肾病、中医外科肛肠病、中医肿瘤、中医骨伤、针灸学、推拿学、医结合临床等
教学实力
学校秉承“以学生为中心，继承创新，致力开拓，强化素质能力，注重知识交融，促进个性发展，努力造就现代中医药人才”的培养，以及“一体两翼”的中医药创新人才培养总体目标，率先着手将全球医学教育基本要求引入中医药教育教学。
通过建立四大教学平台，并完善相配套的服务支持体系，在建立的中医药教育体系、强化学生中医药学价值取向、提升学生学习和科学探究能力，以及主动继承和发扬中医药传统的能力等方面取得显著成效，使上海中医药大学在全国中医药教育中处于引领地位。
2007年本科教学工作水平评估中获得优秀结论；2008年中医学专业试点认证，42个领域73个指标全部达标。并获得如下教育质量工程建设：
国家级精品课程7门，国家级实验教学示范中心2 个，国家级精品视频公开课2 门，国家级教学4项，上海市精品课程20门，上海市全英语示范课程3门，上海市教学12项，上海市教育科学研究6项。
国家级教学团队2个，上海市教学团队5个，国家级教学名师1名，上海市教学名师5名。
教育部3个，国家级特色专业建设点3个，拥有国家级人才培养模式创新实验区项目1个，上海市高地建设项目5个，上海市实验教学示范中心1个。
目前，学校拥有中国科学院、工程院院士2名，国家“千人计划”2名，国家“973”首席科学家5名，长江学者1名，国家百千万人才3名，国家杰出青年科学基金获得者4名，国家级教学名师1名，全国模范教师1名，上海市教书育人楷模1名，提名1名，教育部新世纪优秀人才9人；上海市地方千人计划2名，上海市领军人才13名，东方学者9名，上海市医学领军人才5名，上海市教委领军人才1名；海外名师2名；国家级教学团队2个，上海市级教学团队5个。各级各类人才数量居全国中医药院校领先水平，为学校可持续发展打下了的人才基础。建校56年来，学校为国家培养和输送了各级各类中医药专门人才，校友遍布60多个国家和地区。