上海中医药大学创立于1956年，是新中国诞生后国家首批建立的四所中医药高等院校之一。1993年，上海中医学院更名为上海中医药大学，成为国内最早更名为大学的中医药院校之一。2000年，原上海医学高等专科学校并入我校。2003年，为实施上海市高校布局调整规划，学校整体搬迁至浦东张江高科技园区，成为“张江药谷”的重要组成部分。
目前，全日制在校学生总数7429人，其中本科生3919人，高职高专学生761人，研究生1508人，港澳台学生及留学生984人。另外，学校目前已与14个国家和地区建立了合作关系，有来自日、韩、俄、法、英、美、德、意等30余个国家和地区的短期培训留学生每年近1000余人次。
学校设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、护理学院、医学技术学院、康复医学院等20个二级学院及部、中心；拥有龙华医院、曙光医院、岳阳医结合医院、上海市中医医院、普陀医院5所附属医院，累计床位数4300余张，年门诊量达1000余万人次。学校拥有19家医教研联合体医院，18个附属及共建研究所，13个研究中心。
学校拥有中医学、中药学、医结合医学3个一级学科博士学位授予权，15个博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；有本、专科专业（方向）29个；教育部特色专业建设点2个。
现有国家重点学科4个、国家重点（培育）学科2个、国家中医药管理局重点学科38个、第一批上海市重点学科2个、第二批上海市重点学科中优势学科2个、特色学科5个、第三批上海市重点学科4个、上海市一流学科4个，上海市临床医学中心4个、上海市医学重点学科3个。
学校于1999 年顺利通过了首批教育部本科教学工作优秀评估（试点），2007年在教育部新一轮本科教学工作水平评估中获得优秀，2008年顺利通过中医学试点认证。在2009年教育部学科评估中，我校中药学、中医学学科排名分列全国第一、第二位。在2012年教育部学科评估中，我校中药学、中医学、医结合学科排名分列全国第一，第二、第三位。
学校是国家大学生文化素质教育、国家理科基础研究和教学人才培养、中国大学生武术训练、全国大学生ＫＡB创业教育，是为数不多的同时拥有四个人才培养的高校之一。
50多年来，学校名医荟萃、人才辈出。建校之初，一大批闻名上海的名医大家纷纷投身于学校的教学和临床工作，为上海中医药事业的传承与发扬奠定了厚实的基础。历经半个多世纪洗礼，被列为国家中医药管理局第五批全国名老中医继承班导师的有24人，上海市人民命名的“上海市名中医”中，90%以上为我校毕业或在本校系统工作的著名专家。