西南联大，这所抗战时融合了北大、、南开三所名校的优质师资，大师云集。在这里，张友仁不但了如陈岱孙、周炳琳、赵廼抟等名家的经济学课程，也了冯友兰教授的伦理学等诸多学科，还旁听了闻一多、朱自清、吴晗、郑天挺、王力、费孝通、沈从文等诸多教授的课，同时，不断听到李、光未然等名家的报告，为他后来学问的打下了扎实的根基。在西南联大这所被誉为“堡垒”的大学里，他参加了闻一多教授任导师的西南联大社会科学研究会，学习、讨论的《新主义论》，学习过《论联合》，经常能阅读到中国办的《新华日报》和《群众》。
抗战胜利后，昆明学生争反内战风起云涌。张友仁参加了著名的“一二·一”运动，他参加和组织纠察队，在联大的校门的照片至今被收藏在中国人民抗战纪念馆里。《12·1运动史》中有一段这样写道：“这时，张友仁等七位同学，他们都住在校新校舍北区24号乙宿舍，他们悲愤万分，下定决心，从校门等处的第一线换班下来时，在宿舍里各自写下绝命书，在宿舍南边柏树丛前留影纪念，然后又奔赴斗争第一线。”这张照片现陈列在昆明“12·1运动”纪念馆中。
“12·1”四烈士后，张友仁写下了悼念的诗词。
1946年秋，他回到北大，又学习了周炳琳、蒋硕杰、许德珩、樊弘、梁思成等教授的课，同时担任上海《文汇报》、《浙江日报》等报刊的通讯员和记者，报道了大量和文教界的新闻，也参加了学生反饥饿反内战的。毕业时撰写了《亚当·斯密的经济学说》，获得了导师、经济系主任赵廼抟教授的好评， 1947年，被胡适校长聘任为北大经济系助教。
撰写了一批经济研究
1948年11月，北大50周年校庆，他组织了法政经济记录室展览和社会主义和苏联文献展览，同时，利用自己负责图书资料工作的条件，秘密收藏了大量进步书籍。在1998年北大百年校庆时，还可看到有些实物是“张友仁捐赠，赛克勒博物馆提供。”
在解放战争进入关键时期的1948年，他积极参加青年联盟和中国，从事迎接解放的第二条战线工作，动员大批北大教授不要迁往南方而留在北大。
1949年2月，解放后，他参加了大学课教学委员会，任委员兼课教员，开设了“经济学”、“辩证和历史”、“新主义论”，同时协助赵廼抟主任聘请了薛暮桥、邓拓、王亚南、千家驹、王学文等一批大家。
1950年，他协助韩寿萱教授布置了“毛在校工作室”、“李大钊先生纪念堂”。同年，作为中国人民大学第一届经济学研究生，他以优异的成绩毕业后，回到北大，负责筹建大学最先成立的经济学教研室，他兼代教研室主任。这之后，他撰写了许多的论文，在北大第一届科学、匈牙利中央理论刊物《社会》、《》、《学习》、《大学校刊》等处发表。