主题与逻辑是经济学论文的两大核心要素，认识一篇经济学论文，了解一篇论文的思想观点，主题与逻辑是切入点。
主题是论文的目标，是学者在论文中所要说明或所要解决的问题；逻辑是达到目标的径，是解决问题的思。主题是作者想表达什么，逻辑是作者怎样表达，主题明确、逻辑清晰，是经济学论文行文的第一要诀。
经济学论文行文前首先要明确论文的归类，因为论文的归类有利于明确论文的主题。经济学论文的分类有许多种，如性论文、应用性论文、理论性论文等，但这些分类在实践中都很难界定和甄别。真正符合统计分组性质、具有科学意义和实践价值的分类是按论文的内容进行的二分法：理论方法类论文和现实问题类论文。前者如提出一种全新的理论方法或修正完善某种公识的理论方法；后者如研究利率汇率问题、产业结构问题、货币政策问题、劳动生产率问题、经济增长质量问题等。这样的分类具有排他性。一篇论文只能有一个主题，不可能出现两个主题。也就是说，一篇经济学论文或者属于前者，或者属于后者，不可能既属于前者又属于后者，否则就是主题不明。
明确论文的归属利于把握论文的主题。如果是理论方法类的论文，行文的重点在于阐述新理论、新方法的原理，或是改进完善后的理论方法的优越性，论文中的案例分析旨在说明所研究出的新理论新方法的有效性和适用性。如果是现实问题类的论文，则重点在于问题的引出，问题的分析，分析的结果，以及解决问题的对策。经济学论文中一种并不少见的现象是：理论方法类的论文中，案例分析后出现政策；现实问题类论文中通篇是模型检验、方证，而结论分析却寥寥数句，只言片语。前者让人不得要领，不解作者意图；后者令人望梅止渴，徒添失望。
逻辑体现为论文的结构和内容的布局，是文章的主线或脉络，是学者行文技巧的展示。具体地说，就是从哪里入手写？先写什么，后写什么，再写什么，最后写什么？现代宏观经济学研究国民经济构成及其运行，以及用以调节经济运行的政策，理论叙述的起点是国民经济构成，而后是长期经济增长—经济周期—宏观经济政策等；微观经济学研究在一个稀缺的世界里个人和企业决策如何有效地进行资源的最优配置，理论叙述的起点是供给和需求，而后是企业理论—消费理论—市场理论—竞争理论等。这样的设计体现理论体系的内在结构，也是逻辑形式的一种表达。
主题是文章的统帅、灵魂；逻辑是主题的表达形式，是学者表达思想和观点的手段和技巧，它服从主题、服务主题。同样的主题，可以有相同或相似的逻辑形式，也可以有不同的逻辑形式。这取决于主题的需要，也反映学者的能力或偏好。良好的主题配合了严整的逻辑，就能清楚地表达主题，实现论文的目标；如果采用了不当的逻辑形式，则可能表达不了主题，实现不了论文的目标。好的逻辑形式，令人赏心悦目；不好的逻辑形式，令人伤神费力。经济学论文中不乏大量这样的正例和反例。