在2016年国际基因遗传工程机器设计竞赛（iGEM）中，谁也没想到,地处广州的华南农业大学学生获得全球总决赛季军（冠军和亚军分别是英国帝国理工大学和悉尼大学）。大学生创新团队“睿航科技”也入选全国50名2015年度大学生“小平科技创新团队”。在美国2016—2017赛季机器界锦标赛上，该校学生也摘得项。
学校通过智慧校园的一个标准和四个平台（即综合信息化标准体系和公共信息、智慧教学、“一站式”管理和服务协同四大平台）的建设，实现“信息跑”代替“师生跑腿”，大幅度提升校园事务管理服务效率和水平，并将传统课堂教育的“封闭+被动++分割”转变为智能课堂的“+自主+创新+融合”，培养出一批视野开阔、思维灵敏、精于动手、敢于创新、善于合作的校园“创新创业明星”，人才的培养质量显著提升。华南农大有8个专业入选为教育部、农业部、国家林业局设立的“卓越农林人才教育培养计划”试点项目。
2000年，华南农业大学由农业部划归到广东省主管。根据广东省社会经济发展的需求，学校在2000年开始大幅度扩招。到2006年，招生规模高达1万名，但随之也带来了招生与就业质量明显滑坡的问题。因生师比迅速扩大、实践教学弱化等原因，人才培养质量达不到应有的水平。此外，农林学生专业思想不稳，学习主动性不强，行业内就业率低，仅为30%左右。如何提高农林人才培养质量，成为学校迫切需要解决的问题。
学校划归地方以后，还面临着来自其他方面的挑战：近10余年广东推进现代农业发展，在信息化条件下,不仅对农业和生物技术人才的需求不断增加，而且对人才规格和质量的要求也发生了很大的变化。华南农业大学作为一所百年老校，有国家重点学科和国家级科研平台，有能力在某些专业为国家培养拔尖创新人才。
实践教学环节薄弱、知识结构单一和思想教育弱化正是我国农林高校普遍存在的问题。为了解决上述问题，学校提出农林专业本科人才实施两类培养：一是拔尖创新人才培养，二是复合应用型人才培养。
为有效整合校内外教育资源，建立人才培养协同创新机制，学校先后与汕头、珠海、肇庆、顺德等多个市（县、区）签订了战略合作框架协议，将共建实习实践、就业双等作为校地合作的组成部分。学校与广东省农林科研院所、华南植物园等共建了农科教合作人才培养，并先后与广东温氏集团股份有限公司、深圳市芭田生态工程股份有限公司等农业龙头企业合作举办了校企联合培养创新班，网上网下建成广东省协同育人平台。