教学机构 全校现有生命科学学院、农学院、植物学院、资源与科学学院、园艺学院、动物科学技术学院(含渔业学院)、经济管理学院、动物医学院、食品科学技术学院、信息科学技术学院、公共管理学院(含土地管理学院)、外国语学院、人文社会科学学院、理学院、工学院(含乡镇企业学院)、国际教育学院等16个学院和体育工作部。另设有金陵研究院、教育学院、中华农业文明研究院、中央农业干部教育培训中心南农大分院等机构。
学科专业设置 现有13个博士后流动站、12个博士学位一级学科授权点、17个硕士学位一级学科授权点，65个博士学科专业、106个硕士学科专业、59个本科专业(其中国家和省级品牌特色专业17个)，以及兽医博士和兽医硕士、农业推广硕士、工程硕士、公共管理硕士(MPA)、风景园林硕士等六种专业学位授予权，形成了博士、硕士、学士以及包括教育与干部培训在内的完整的人才培养体系。
师资队伍 现有在职教职工2683人，其中：中国工程院院士2名，博士生导师268人，硕士生导师573人，国家、部级有突出贡献中青年专家37人，“长江学者励计划”特聘教授2人，获“国家杰出青年科学基金”9人，国家教学名师1人，入选国家“百千万人才工程”第一、二层次专家8人，入选教育部“跨世纪优秀人才培养计划”8人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者27人，教育部“优秀青年教师资助计划”18人。
科学研究 现有14个(含1个培育点)国家级重点学科，23个省(部)级重点学科。建有“作物遗传与种质创新”国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心和国家大豆改良中心，40多个省部级重点实验室、工程技术中心和研究所。“十五”以来，国家自然科学基金、科技部、教育部、农业部等各级、各类项目立项2000余项，获资助经费10亿多元，纵向到位科研经费以年均20%的速度递增，年度获国家自然科学基金项目经费超过2000万元，在全国高校中位居前列。获国家、部省级科技100余项，其中国家级7项。李显春博士的一篇论文2002年10月在《Nature》上发表，是我国农业高校在《Nature》上发表的第二篇论文。近年来，SCI收录论文快速增长，2007年SCI收录及引用篇次在全国高校排名均进入前50名行列，CSTPCD(学术榜)收录论文1643篇，连续两年跃居农林类高校第二。《南京农业大学学报》(自然版)2008年度影响因子上升至0.693，连续六年获得“中国百种杰出学术