论证部分即为论文正文。一般根据所涉及的学科、选题、研究方法不同而包括材料与方法、结果、讨论三大章节。推荐阅读：Methodology写作必备的定性分析法
实验对象为动物时。应该写明动物名称、种类（品种、品系）、微生物控制级别、数量、来源、性别、年龄、身体长度、体重、健康状况、分组方法与标准；临床研究需要提供病例的来源、病例数、性别、年龄、职业、病程、病因、病理诊断依据、选择标准、诊断分型标准等。
要标明生产厂家、型号、批次、精度、操作方法等。若因实验需要而对实验仪器做出了改进，应当加以说明。
应写明实验所用药品和试剂的名称、成分、规格、纯度、来源、出厂时间、型号、批号、使用效价、浓度和剂量、配制方法和过程、临床使用剂量和次数、给药方法和途径。若是自制药品，需要更详细的说明。
需要写明实验动物的感染接种方法、手术与标本制备过程、实验与记录的手段、观察步骤、记录指标及注意事项；病例的观察方法、指标、治疗方法、药物的名称、剂量、剂型、使用方法及疗程。所用的百里挑一关昕和刘硕方法如果是公知的，只需要写明其方法名称即可；引用他人的方法应该注明出处，对新的或有实质性改进的方法，需要说明采用这些方法的理由，并详述其改进部分，做出详细的介绍，以便他人重复。
实验结果是论文的核心价值，是作者的研究结晶，是最关键的部分。全文的结论由实验结果得出，最终的讨论由此引发，判断推理和也因此产生。此部分需要体现作者的研究及论据，是评价该论文的重要依据。
应当如实、具体、准确的写出经过统计学处理过的实验观察数据资料，不需要罗列全部原始数据。对于仅用数据不足以说明实验结果的情况，需要使用图表。插图和表格能直观的显示变化的规律性，有利于进行对比，因此在表达实验结果时，大多采用图表来表示。另外需要用文字来对数据和图表加以详细分析说明。
根据实验事实，分为若干节、段来进行安排，可以使用小标题，使得研究结果具备一定的逻辑性围绕文章的中心思想展开。结果的写作需要遵守实事求是的要求，不论结果是成功还是失败，只要是真实的，就有价值。不能随意舍去不符合主观设想和实验预期的数据和结果，这样做将失去真实性。结果部分是自己的研究，不能把前人的工作夹杂进去。这一部分纯属实验结果，而不是分析和推理，因此叙述完毕后不需要综合说明，因为综合说明是归于讨论部分的内容。
讨论是作者对研究、实验、观察中得到的材料进行归纳、概括和探讨，并作出理论分析，是对自己课题的不足的分析，也是对自己研究结果的。需要说明实验的结果是否与有关假设相符，说明预期以外的现象，并与其他相似实验所得出的结果进行综合分析，分析异同和可能原因，提出自己的见解并评价其意义。