20世纪80年代初期，国内关于国有企业的问题始终论争不断、难有。萧灼基在1981年发表了《关于经济管理体制的若干设想》，在国内学术界最早提出了“国有企业两权分离理论”，即所有权归国家，使用权（经营权）归企业。这在今天虽已是市场经济理论的常识，但在当时确实是一个比较重要的理论突破。萧灼基因此获得了首届孙冶方经济学、首届中国企业与发展“金三角”等多项励。
萧灼基也是最早研究股份经济和证券市场的专家之一，对中国证券市场的建设和完善起到了重要作用，他主编的500余万字的《中国证券全书》是迄今为止有关证券市场最全面系统的工具书。因为在推动中国证券市场方面的巨大贡献，他还被人们称为“萧股市”，同以“厉股份”著称的厉以宁教授、以“吴市场”著称的吴敬琏教授齐名。
此外，他还关注新农村建设，建言取消农业税、主张“利益回归”，认为农民通过各种方式为所作的贡献和所受的损失，理应得到相应的补偿。
萧灼基对家乡的社会经济发展也十分关注。21世纪初，萧灼基多次来到广东调研，并受邀参与重要论坛，为广东经济发展出谋划策。
作为知名经济学家，萧灼基长期担任了很多社会职务，但在各种头衔之中，萧灼基最看重的还是教师，“教书对我而言，不仅仅是谋生的工作，也是我的乐生要素”，因此他在北大经济学院一直任教长达50多年。
萧灼基曾说，1986年他成为第一批博士生导师时，下决心为国家培养20个博士。这个目标实现之后，他又给自己加码，要培养30名博士。可到退休时则“远远超出了计划”，指导的硕士生、博士后、访问学者不计其数。“我时常说，我是最富有的，因为我拥有最富有的职业，我有这么多优秀的学生。”
这位要求学生理论联系实际、关注国情的教授还把自己戏称为“土鳖（博士）饲养员”，原因就在于他认为，与海归派相比，“本地里面可能也有许多是能念好经的。不同的岗位需要的人才不同，并不是只要学历高就好，也不是留过学的就一定好，关键是要看效果”。但在学生毕业时，他也总是学生到国外学习，开阔眼界。在学生奔赴工作岗位时，他则常常会赠予四句话：“从政为官要，下海经商要守法，科学研究要创新，待人做事要真诚”。
数十年来，萧灼基精心培育出了大批优秀的人才。据报道，1988年，还是北大经济学院研究生的李克强以《农村工业化：结构转换中的选择》一文获得经济学硕士，该论文的指导老师正是萧灼基。