值得注意的是，不同查重技术背后的数据库和算法没有公开且良莠不齐，使论文查重成为一个值得的产业。查重软件对何谓抄袭或重复的定义各不相同，所涵盖的数据库也不一样，这使同一篇论文在不同查重软件的查重结果可能完全不同。比如，一些查重软件在判定是否抄袭时较为“宽容”，本该判为抄袭的却可以蒙混过关。再如，目前的查重都无法涵盖英文和其他语种的出版物，这使一些“精明”的学生可能会打“擦边球”。此外，对不同学科的论文查重率进行一刀切，也可能是有失公允的。、历史等一些人文学科的论文转引其他著作的原话较多，这无形之中会使论文的查重率畸高。
此外，一些学生害怕最后一次查重出现问题，所以会提前自费查重。与此同时，学生们还可以将出现查重问题的重点段落进行“包装”和“修饰”，使之在下一次查重时可以蒙混过关。比如，可以语句顺序或更改措辞，就可以轻而易举地通过论文查重。这让许多学生都沦为“复制＋粘贴”的“鼠标手”，完全了撰写论文的能力。他们会首先诉诸于查重软件，然后根据每次论文查重情况进行各种简单地修改，只要能够达到学校的论文查重率即可。
商业查重的价格不菲，一篇论文少则几十元，多则数百元。如果学生自费查重的话，就等于变相增加了他们的经济负担。以中国知网查重检测系统为例，其价格从论文的58元/篇、本科毕业论文的188元/篇到硕博论文的350元/篇不等。尽管价格不菲且需要自费负担，但是一些学生为了“保过”，却花钱买个平安。笔者与多位学生交流，发现他们多数都怀有这种心理并自费查重，哪怕明知自己没有抄袭也害怕“中招”。
大学和教育部门之所以会以论文查重率这样简单的做法来管理学生的毕业论文，同学术治理的行政化和官僚化取向不无关系。这同以论文数量和影响因子来考核大学教授的科研绩效如出一辙，都与大学行政化管理的严重导向密不可分。当然，“萝卜多了不洗泥”，大学扩招导致严重的师生比失衡，教授无暇顾及扑面而来的大量论文，只好求助一些简单易行的办法。与此同时，教授可以评价论文的专业水平，但是评判论文抄袭与否则往往是一件难事。如今的学术文献浩如烟海，即便是某个细分领域的著作也汗牛充栋。因此，为了避免学生毕业后因为论文抄袭而追责，大学必须把可能爆发的问题消灭在毕业前。